文部科学省では，自然災害が発生した場合，迅速かつ的確な被害情報の収集に努めるとともに，児童生徒，学生や教職員の安全確保，被害増大の防止，2次災害の防止策などの措置を講じるよう，関係教育委員会や国立大学法人などに依頼しています。
また，被害を受けた公立学校施設において教育活動を円滑に実施できるよう，施設の災害復旧に要する経費の一部を国庫負担（補助）しています（図表2-13-1）。
平成17年10月には，台風第14号，また，18年度には梅雨前線による豪雨で，河川の氾濫による床上浸水や斜面の崩落による土砂災害などの影響によって，一部の学校の校舎や体育館に大きな被害が発生しました。これらの災害は，激甚災害（注）として指定され，公立学校施設の災害復旧事業について，地方公共団体ごとにその財政規模に応じて国庫負担額が引き上げられました。また，公民館などの公立社会教育施設や私立学校施設の災害復旧事業についても，国庫補助の対象となりました。
激甚災害などの被害が発生した場合には，政府調査団として文部科学省職員を現地調査に派遣しています。
さらに，近年の集中豪雨や台風などによる被害を考慮し，風水害に対する学校施設の適切な安全確保のための点検ポイントなどについてまとめたパンフレットを教育委員会などに配付し，風水害等の災害に備えた学校施設の安全対策を促しています。
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| ▲平成18年梅雨前線による豪雨の土砂災害で被災した学校 |