文部科学省は，私立の大学，短期大学，高等専門学校における教育研究に必要な経常的経費（教職員の給与費，教育研究経費など）について補助を行っています。この補助には，大きく分けて一般補助，特別補助があります。
一般補助は，教職員の給与費や基盤的な教育研究経費，教職員の所定福利費，厚生補導費などを対象としており，平成18年度からは，教職員の雇用保険料などを新たに対象としました。また，配分に当たっては，
学生定員の管理状況，
専任教員一人当たりの学生数，
学生納付金の教育研究経費への還元状況などの客観的な指標に基づき，教育研究条件の整備状況に応じて配分額を調整し，効果的・効率的な配分を行っています。
特別補助には，「特別補助」と「私立大学教育研究高度化推進特別補助」があります。このうち，「特別補助」は社会人の受入れや学習機会の多様化に対応する経費など，社会的要請の強い特色ある教育研究を支援するものです。平成18年度からは，経済的に修学困難な学生に対し授業料減免などの奨学事業を実施する学校に対して補助を行う「授業料減免事業等支援経費」を創設しました。また，「私立大学教育研究高度化推進特別補助」は，競争的環境の下で世界水準の優れた私立大学づくりを目指す観点から14年度に創設されました。
平成18年度においても，引き続き私立大学における教育・学術研究を促進するため，前年度に比べ20億円増額の3,312億5,000万円の予算を計上しています（図表2-4-1）。
文部科学省では，私立大学などに対する施設・設備などの整備について，次のような補助を行っています。
研究基盤の整備と研究機能の高度化を推進するため，優れた研究プロジェクトに対する重点的かつ総合的な補助を行う「私立大学学術研究高度化推進事業」高度情報化に対応したマルチメディア（注1）施設や学内LAN（学内ネットワーク），パソコンなどの情報通信環境を整備するために必要な補助校舎などの耐震補強工事，アスベスト対策工事，バリアフリー化（注2）工事などに対する補助 平成18年度予算では，合わせて約179億1,100万円を計上しています。このうち，，に関する補助金の配分に当たっては，外部の学識経験者から構成される委員会において審査・選定を行っています。