（2）我が国の海洋研究船が持つべき施設・設備
以上のニーズを踏まえると、我が国の海洋研究船全体として整備すべき機能、性能を抽出することができる。なお、船舶の施設・設備は、船体に整備される大型の施設（ウィンチ、クレーンなど）と、研究区画等に設置される中型・小型の設備（分析機器など）に分類され、船舶の整備とともに、これらの施設・設備についても計画的かつ継続的な整備が求められる。
各分野の研究に必要となる主な船上の施設・設備をまとめると、以下のとおりとなる。
- 海洋物理学分野に関しては、海面から海底までの海水の電気伝導度、温度、深度を精確に計測する必要があり、高精度CTD採水観測装置の整備が求められる。また、ブイや無人探査機を使った調査・観測を行うための係留観測ウィンチやAフレームの整備も求められる。
- 地球環境観測分野に関しては、海洋環境計測に加えて海上大気の同時観測が必要で、海象、気象の厳しい条件下で連続観測を実施するために大型ブイが必要で積載能力が高く重作業を可能とする装置を備えた研究船が不可欠である。
- 海洋化学分野に関しては、海洋物理学分野と同様に、高精度CTD及び多層クリーン採水観測装置、係留観測ウィンチ及びAフレームに加え、各種採水装置や各種の微量物質等を精度よく分析するためのクリーンルームの整備が求められる。世界最深部まで無汚染採水を可能とするケーブルが必要である。
- 生物海洋学・海洋生物学分野に関しては、プランクトンや稚仔魚をネット捕集するための各種採集装置に適したウィンチ類、Aフレーム及び船上で迅速にその機能や生物的特性を把握するための放射性同位元素実験室、飼育水槽などの整備が求められる。
- 極限環境生物学分野に関しては、大水深での生物の現場採集装置（サンプルが存在していた環境を保持したまま採集する装置）とその操作のための潜水船や無人探査機が欠かせない。海底下深部の生物採集には深海掘削船を利用する。また、船上実験室には現場飼育装置（サンプルが生息していた環境状態を再現した飼育装置）を必要とする。
- 海洋地学分野に関しては、3次元の海底地形を精密に探査するマルチビーム音響測深機や海底下の地質構造も観測できる海底下音響探査装置や大型ピストンコアラーの整備が求められる。加えて、地殻構造データを高精度・高分解能で取得するための3次元反射法地震探査装置の整備も求められる。海底を観察し、岩石などの標本を採集する無人探査機も必要である。
- 水産学分野に関しては、資源生物をネット採集するためのウィンチ、Aフレームに加え、飼育水槽の整備が求められる。また、資源量を評価する科学魚群探知機が必要である。
- 海洋工学分野に関しては、有人潜水船、ROV（Remotely Operated Vehicle）やAUV（Autonomous Underwater Vehicle）を使用するためのAフレームや音響測位装置の整備が求められる。
これらの施設・設備に加え、分野によらずに共通的に整備することが求められる機能として、沿岸のそばに深海が存在するという我が国周辺海域の特徴を踏まえた7,000メートル級のウィンチ、観測点における船舶操縦の省力化及び自動化のためのダイナミック・ポジショニング・システム（DPS）があげられる。
以上の研究施設・設備は、船上で研究を行うことが必要であるという海洋研究の特色を踏まえ、世界最先端の研究設備・装備を常に保持することが重要である。また、船内に研究用の十分なスペースを確保しつつ可能な限り多くの研究者や学生が乗船できるよう、十分な規模を持つとともに、数多くの運用を行うことが必要である。更に、研究船が教育、国際的共同研究に果たす役割を考慮しながら船内設備を整える必要がある。
