文化財研究所は，貴重な文化財の保存と活用を図るため，文化財に関する調査・研究を総合的に実施し，その調査・研究の成果を国民に対して迅速に公開するとともに，専門的技術者の養成・研修や地方公共団体などに対する専門的・技術的な援助・助言を行っています。
東京文化財研究所では，日本・東洋の美術・芸能の調査研究や文化財の保存に関する科学的な調査，修復材料・技術の開発に関する研究を行っているほか，海外の博物館・美術館が所蔵する日本古美術品の修復協力，アフガニスタンやイラクの文化財保存修復に関する協力など国際交流を進めています。
また，奈良文化財研究所では，遺跡，建造物，歴史資料などの調査研究や平城宮跡，飛鳥・藤原宮跡の発掘調査などを進めるとともに，全国各地の発掘調査などに対する指導・助言や発掘調査を行う専門職員などに対する研修を行っています。
なお，文化財研究所は平成17年12月24日に閣議決定された「行政改革の重要方針」に基づき，国立博物館と19年度に統合する予定です。
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| ▲第1回締約国総会で演説する小坂文部科学大臣（当時） |