競争的資金は，研究者などから提案された研究開発課題について，事前審査を経て配分される資金であり，研究者の研究費の選択の幅と自由度を拡大し，競争的な研究開発環境の形成に資するものです。
文部科学省には，科学研究費補助金，戦略的創造研究推進事業，科学技術振興調整費などの我が国を代表する特色ある競争的資金制度があります。第3期科学技術基本計画を踏まえ，引き続き，競争的資金の拡充を図るとともに，競争的資金の効果を最大限に発揮させるため，以下のような制度改革に取り組んでいます。
間接経費とは，競争的資金を獲得した研究者が所属する研究機関に対して，研究費の一定比率を配分するもので，研究機関が研究活動を行うために必要な管理のために使用する経費です。研究費に加えてこのような経費を配分することで，研究機関間の競争が促進されるとともに，研究活動の一層の活性化が期待されます。このため，第3期科学技術基本計画においては，間接経費については，すべての制度において，30パーセントの措置をできるだけ早期に実現することとされています。文部科学省においても，競争的資金全体の予算を伸ばす中で，間接経費の拡充を進めるとともに，効果的かつ効率的な活用や円滑な運用に努めています。
競争的資金の配分に当たっては，研究者の地位や肩書きによらず，申請内容と実施能力を重視した公正で透明性の高い研究課題の審査が不可欠です。このため，各制度においては，プログラムディレクター（PD）（注1）やプログラムオフィサー（PO）（注2）による一元的管理・評価体制を整備するとともに，審査業務の効率化を図りつつ，審査員の増員，研究計画書の充実等の改革に努めています。
競争的資金制度の拡充，弾力的な運用体制の構築のため，各制度においては，制度の趣旨に応じて，独立した配分機関への文部科学省の配分機能の移行を進めています。また，PD・POの機能強化を図るため，配分機関において，国内セミナー等を実施し，PD・POの養成に努めています。
競争的資金をより効率的・弾力的に運用できるよう，各制度において，年度間繰越や交付時期の早期化などに努めています。また，一部の競争的資金制度において，若手向けの研究種目を設定し，若手研究者の活躍の機会の拡大に努めているほか，女性研究者がその能力を最大限に発揮できるように研究の中断やそれに伴う研究期間の延長を認めるなどの出産・育児等に配慮した制度設計を行っています。