障害のある児童生徒については、児童生徒一人一人の障害の状態等により、学習上又は生活上の困難が異なることに十分留意することが必要です。このため、（１）①～④に加え、障害の状態や特性及び心身の発達の段階等に応じて、指導内容や指導方法の工夫を検討し、適切な指導を行うことが大切です。また、（１）①～③の各学校段階間で切れ目なく指導を行うことも大切です。
学習指導要領においては、「個に応じた指導」の観点から、個々の児童生徒の障害の状態等に応じた指導内容や指導方法の工夫を組織的かつ計画的に行うものと規定されています。障害のある児童生徒については、個々の児童生徒の実態を的確に把握し、個別の指導計画を作成し活用することに努めることとし、特に、特別支援学校や特別支援学級、通級による指導を受けている児童生徒については、個別の指導計画を作成し活用することが義務とされています。
また、各教科等の指導に当たっては、個々の児童生徒によって、見えにくさ、聞こえにくさ、道具の操作の困難さ、移動上の制約、健康面や安全面での制約、発音のしにくさ、心理的な不安定、人間関係形成の困難さ、読み書きや計算等の困難さ、注意の集中を持続することが苦手であることなど、学習活動を行う場合に生じる困難さが異なることに留意し、個々の児童生徒の困難さに応じた指導内容や指導方法を工夫することが規定されています。