平成20年4月1日現在
| 大学名 | 研究所等名 | 設置年度 | 設置目的 | 所在地 |
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| 北海道 | ●低温科学研究所 | （平成7年度） 昭和16年度 |
寒冷圏及び低温条件の下における科学的現象に関する学理及びその応用の研究 | 北海道 札幌市 |
| 電子科学研究所 | （平成4年度） 昭和17年度 |
電子科学に関する学理及びその応用の研究 | 北海道 札幌市 |
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| 遺伝子病制御研究所 | （平成12年度） 昭和25年度 |
遺伝子病の制御に関する学理及びその応用の研究 | 北海道 札幌市 |
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| 東北 | ●金属材料研究所 | （昭和62年度） 大正8年度 |
材料科学に関する学理及びその応用の研究 | 宮城県 仙台市 |
| 加齢医学研究所 | （平成5年度） 昭和16年度 |
加齢医学に関する学理及びその応用の研究 | 宮城県 仙台市 |
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| 流体科学研究所 | （平成10年度） 昭和18年度 |
流動現象に関する学理及びその応用の研究 | 宮城県 仙台市 |
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| ●電気通信研究所 | （平成6年度） 昭和10年度 |
高密度及び高次の情報通信に関する学理並びにその応用の研究 | 宮城県 仙台市 |
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| 多元物質科学研究所 | （平成13年度） 平成13年度 |
多元的な物質に関する学理及びその応用の研究 | 宮城県 仙台市 |
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| 群馬 | 生体調節研究所 | （平成6年度） 昭和38年度 |
生体調節に関する医学及び薬学の学理並びにその応用の研究 | 群馬県 前橋市 |
| 東京 | 医科学研究所 | （平成12年度） 明治25年度 |
感染症、がんその他の特定疾患に関する学理及びその応用の研究 | 東京都 港区 |
| ●地震研究所 | （平成6年度） 大正14年度 |
地震及び火山噴火の現象の解明及び予知並びにこれらによる災害の防止及び軽減に関する研究 | 東京都 文京区 |
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| 東洋文化研究所 | （昭和56年度） 昭和16年度 |
東洋文化に関する総合研究 | 東京都 文京区 |
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| 社会科学研究所 | （昭和60年度） 昭和21年度 |
社会科学に関する総合研究 | 東京都 文京区 |
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| 生産技術研究所 | （平成12年度） 昭和24年度 |
生産に関する技術的問題の科学的総合研究並びに研究成果の実用化試験 | 東京都 目黒区 |
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| 史料編纂所 | （昭和54年度） 明治28年度 |
日本に関する史料及びその編纂の研究、並びに研究成果による史料集出版を行う | 東京都 文京区 |
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| 分子細胞生物学研究所 | （平成13年度） 昭和28年度 |
分子細胞生物学に関する学理及びその応用の研究 | 東京都 文京区 |
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| ●宇宙線研究所 | （昭和51年度） 昭和28年度 |
宇宙線の観測及び研究 | 千葉県 柏市 |
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| ●物性研究所 | （平成8年度） 昭和32年度 |
物性に関する実験的研究及びこれに関連する理論的研究 | 千葉県 柏市 |
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| ●海洋研究所 | （平成12年度） 昭和37年度 |
海洋に関する基礎的研究 | 東京都 中野区 |
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| 先端科学技術研究センター | 平成16年度 | 学術の進展と社会の変化から生じる新たな課題へ機動的に挑戦し、人間と社会に向かう先端科学技術の新領域を開拓することによって科学技術の発展に貢献 | 東京都 目黒区 |
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| 東京医科歯科 | 生体材料工学研究所 | （平成11年度） 昭和26年度 |
生体に用いられる物質及び材料並びに生体工学に関する学理及びその応用の研究 | 東京都 千代田区 |
| 難治疾患研究所 | （平成2年度） 昭和48年度 |
膠原病その他の難治疾患に関する学理及びその応用の研究 | 東京都 千代田区 |
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| 東京外国語 | ●アジア・アフリカ言語文化研究所 | （平成3年度） 昭和39年度 |
アジア及びアフリカの言語文化に関する総合研究並びにこれらの地域の言語に関する辞典の編製及び教育訓練 | 東京都 府中市 |
| 東京工業 | 資源化学研究所 | （昭和29年度） 昭和13年度 |
資源の化学的利用に関する学理及びその応用の研究 | 神奈川県 横浜市 |
| 精密工学研究所 | （平成5年度） 昭和29年度 |
精密工学に関する学理及びその応用の研究 | 神奈川県 横浜市 |
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| ●応用セラミックス研究所 | （平成8年度） 昭和33年度 |
セラミックスに関する学理及びその応用の研究 | 神奈川県 横浜市 |
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| 原子炉工学研究所 | （平成2年度） 昭和39年度 |
原子炉工学に関する学理及びその応用の研究 | 東京都 目黒区 |
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| 一橋 | 経済研究所 | （昭和54年度） 昭和16年度 |
日本及び世界の経済の総合研究 | 東京都 国立市 |
| 新潟 | 脳研究所 | （平成7年度） 昭和42年度 |
脳及び脳疾患に関する学理及びその応用の研究 | 新潟県 新潟市 |
| 富山 | 和漢医薬学総合研究所 | （平成17年度） 昭和49年度 |
和漢薬に関する学理及びその応用の研究 | 富山県 富山市 |
| 金沢 | がん研究所 | （平成9年度） 昭和16年度 |
がんに関する学理及びその応用の研究 | 石川県 金沢市 |
| 静岡 | 電子工学研究所 | （平成元年度） 昭和40年度 |
電子工学に関する学理及びその応用の研究 | 静岡県 浜松市 |
| 名古屋 | 環境医学研究所 | （平成3年度） 昭和20年度 |
環境医学に関する学理及びその応用の研究 | 愛知県 名古屋市 |
| ●太陽地球環境研究所 | （平成2年度） 昭和24年度 |
太陽地球環境の構造と動態に関する総合研究 | 愛知県 名古屋市 |
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| エコトピア科学研究所 | 平成18年度 | エコトピア科学に関する研究 | 愛知県 名古屋市 |
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| 京都 | 化学研究所 | （平成4年度） 大正15年度 |
化学に関する特殊事項の学理及びその応用の研究 | 京都府 宇治市 |
| 人文科学研究所 | （平成12年度） 昭和14年度 |
世界文化に関する人文科学の総合研究 | 京都府 京都市 |
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| 再生医科学研究所 | （平成10年度） 昭和15年度 |
生体組織及び臓器の再生に関する学理及びその応用の研究 | 京都府 京都市 |
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| エネルギー理工学研究所 | （平成8年度） 昭和16年度 |
エネルギーの生成、変換及び利用の高度化に関する研究 | 京都府 宇治市 |
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| ●生存圏研究所 | 平成17年度 | 生存圏科学に関する研究 | 京都府 宇治市 |
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| ●防災研究所 | （平成8年度） 昭和26年度 |
災害に関する学理の研究及び防災に関する総合研究 | 京都府 宇治市 |
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| ●基礎物理学研究所 | （平成2年度） 昭和28年度 |
素粒子理論その他の基礎物理学に関する研究 | 京都府 京都市 |
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| ウイルス研究所 | （平成2年度） 昭和31年度 |
ウイルスの探究並びにウイルス病の予防及び治療に関する学理及びその応用の研究 | 京都府 京都市 |
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| 経済研究所 | （昭和61年度） 昭和37年度 |
産業経済に関する総合研究 | 京都府 京都市 |
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| ●数理解析研究所 | （平成11年度） 昭和38年度 |
数理解析に関する総合研究 | 京都府 京都市 |
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| ●原子炉実験所 | （平成7年度） 昭和38年度 |
原子炉による実験及びこれに関連する研究 | 大阪府 泉南郡 |
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| ●霊長類研究所 | （平成5年度） 昭和42年度 |
霊長類に関する総合研究 | 愛知県 犬山市 |
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| 東南アジア研究所 | 平成16年度 | 東南アジア地域に関する総合研究 | 京都府 京都市 |
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| 大阪 | 微生物病研究所 | （平成6年度） 昭和9年度 |
微生物病及びがんその他の特定の難治疾患に関する学理並びにその応用の研究 | 大阪府 吹田市 |
| 産業科学研究所 | （平成7年度） 昭和14年度 |
産業に必要となる先端的な事項で、材料、情報及び生体に関するものの総合研究 | 大阪府 茨木市 |
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| ●たんぱく質研究所 | 昭和33年度 | たんぱく質に関する基礎的研究 | 大阪府 吹田市 |
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| 社会経済研究所 | （昭和61年度） 昭和41年度 |
社会経済に関する総合研究 | 大阪府 茨木市 |
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| ●接合科学研究所 | （平成8年度） 昭和47年度 |
接合科学に関する学理及びその応用の研究 | 大阪府 茨木市 |
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| 神戸 | 経済経営研究所 | （平成14年度） 大正8年度 |
経済並びに経営に関する学理及びその技術の研究 | 兵庫県 神戸市 |
| 岡山 | 資源生物科学研究所 | （昭和63年度） 昭和28年度 |
資源生物に関する学理及びその応用の研究 | 岡山県 倉敷市 |
| 広島 | 原爆放射線医科学研究所 | （平成14年度） 昭和36年度 |
原子爆弾その他の放射線による障害の治療及び予防に関する学理並びにその応用の研究 | 広島県 広島市 |
| 九州 | 生体防御医学研究所 | （平成13年度） 昭和6年度 |
生体防御医学に関する学理及びその応用の研究 | 福岡県 福岡市 |
| ●応用力学研究所 | （平成9年度） 昭和26年度 |
力学に関する学理及びその応用の研究 | 福岡県 春日市 |
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| 先導物質化学研究所 | （平成15年度） 平成15年度 |
物質化学に関する先導的な総合研究 | 福岡県 春日市 |
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| 長崎 | ●熱帯医学研究所 | （平成6年度） 昭和16年度 |
熱帯医学に関する学理及びその応用の研究 | 長崎県 長崎市 |
1）●は、全国共同利用の附置研究所を表す。（10大学20研究所）
2）設置年度欄かっこ書きの年度は、改組（含む大部門化）の年度を示す
研究振興局学術機関課
-- 登録：平成21年以前 --