（昭和22年文部省令第11号）
第55条の2 文部科学大臣が、小学校において、当該小学校又は当該小学校が設置されている地域の実態に照らし、より効果的な教育を実施するため、当該小学校又は当該地域の特色を生かした特別の教育課程を編成して教育を実施する必要があり、かつ、当該特別の教育課程について、教育基本法（平成18年法律第120号）及び学校教育法第30条第1項の規定等に照らして適切であり、児童の教育上適切な配慮がなされているものとして文部科学大臣が定める基準を満たしていると認める場合においては、文部科学大臣が別に定めるところにより、第50条第1項、第51条（中学校連携型小学校にあつては第52条の3、第79条の9第2項に規定する中学校併設型小学校にあつては第79条の12において準用する第79条の5第1項）又は第52条の規定の全部又は一部によらないことができる。
（中学校、義務教育学校、中等教育学校前期課程に準用。）
第85条の2 文部科学大臣が、高等学校において、当該高等学校又は当該高等学校が設置されている地域の実態に照らし、より効果的な教育を実施するため、当該高等学校又は当該地域の特色を生かした特別の教育課程を編成して教育を実施する必要があり、かつ、当該特別の教育課程について、教育基本法及び学校教育法第51条の規定等に照らして適切であり、生徒の教育上適切な配慮がなされているものとして文部科学大臣が定める基準を満たしていると認める場合においては、文部科学大臣が別に定めるところにより、第83条又は第84条の規定の全部又は一部によらないことができる。
（中等教育学校後期課程に準用。）
第108条 中等教育学校の前期課程の教育課程については、第50条第2項、第55条から第56条の4まで及び第72条の規定並びに第74条の規定に基づき文部科学大臣が公示する中学校学習指導要領の規定を準用する。この場合において、第55条から第56条までの規定中「第50条第1項、第51条(中学校連携型小学校にあつては第52条の3、第79条の9第2項に規定する中学校併設型小学校にあつては第79条の12において準用する第79条の5第1項)又は第52条」とあるのは「第107条又は第108条第1項において準用する第72条若しくは第74条の規定に基づき文部科学大臣が公示する中学校学習指導要領」と、第55条の2中「第30条第1項」とあるのは「第67条第1項」（略）と読み替えるものとする。
2 中等教育学校の後期課程の教育課程については、第83条、第85条から第86条まで及び第88条の2の規定並びに第84条の規定に基づき文部科学大臣が公示する高等学校学習指導要領の規定を準用する。この場合において、第85条中「前2条」とあり、並びに第85条の2及び第86条中「第83条又は第84条」とあるのは、「第108条第2項において準用する第83条又は第84条の規定に基づき文部科学大臣が公示する高等学校学習指導要領」と、第85条の2中「第51条」とあるのは「第67条第2項」と読み替えるものとする。
第132条の2 文部科学大臣が、特別支援学校の小学部、中学部又は高等部において、当該特別支援学校又は当該特別支援学校が設置されている地域の実態に照らし、より効果的な教育を実施するため、当該特別支援学校又は当該地域の特色を生かした特別の教育課程を編成して教育を実施する必要があり、かつ、当該特別の教育課程について、教育基本法及び学校教育法第72条の規定等に照らして適切であり、児童又は生徒の教育上適切な配慮がなされているものとして文部科学大臣が定める基準を満たしていると認める場合においては、文部科学大臣が別に定めるところにより、第126条から第129条までの規定の一部又は全部によらないことができる。
（平成20年文部科学省告示第30号）
（改正 平成27年文部科学省告示第53号）
学校教育法施行規則（昭和22年文部省令第11号）第55条の2（同令第79条、第79条の6及び第108条第1項において読み替えて準用する場合を含む。）、第85条の2（同令第108条第2項において読み替えて準用する場合を含む。）又は第132条の2の規定に基づき、同令の規定によらないで教育課程を編成することができる場合を次のように定める。
1 次の各号に掲げる学校の種類ごとに当該各号に定める規定の一部又は全部によらないで特別の教育課程を編成することができる場合は、文部科学大臣が、小学校、中学校、義務教育学校、高等学校、中等教育学校又は特別支援学校（以下「小学校等」という。）において、当該小学校等又は当該小学校等が設置されている地域の実態に照らし、より効果的な教育を実施するため、当該小学校等又は当該地域の特色を生かした特別の教育課程（以下この項及び次項において単に「特別の教育課程」という。）を編成して教育を実施する必要があり、かつ、当該特別の教育課程について、教育基本法（平成18年法律第120号）及び学校教育法（昭和22年法律第26号）に規定する小学校等の教育の目標に関する規定等に照らして適切であり、児童又は生徒の教育上適切な配慮がなされているものとして次項に定める基準を満たしていると認めて、当該小学校等を指定する場合とする。
一 小学校 学校教育法施行規則第50条第1項、第51条（同令第52条の2第2項に規定する中学校連携型小学校にあっては同令第52条の3、同令第79条の9第2項に規定する中学校併設型小学校にあっては同令第79条の12において準用する同令第79条の5第1項）又は第52条の規定
二 中学校 学校教育法施行規則第72条、第73条（同令第26条第3項に規定する併設型中学校にあっては同令第117条において準用する同令第107条、同令第74条の2第2項に規定する小学校連携型中学校にあっては同令第74条の3、同令第75条第2項に規定する連携型中学校にあっては同令第76条、同令第79条の9第2項に規定する小学校併設型中学校にあっては同令第79条の12において準用する同令第79条の5第2項）又は第74条の規定
三 義務教育学校 前期課程にあっては学校教育法施行規則第79条の5第1項又は第79条の6第1項において準用する同令第50条第1項若しくは第52条の規定に基づき文部科学大臣が公示する小学校学習指導要領の規定、後期課程にあっては同令第79条の5第2項又は第79条の6第2項において準用する同令第72条若しくは第74条の規定に基づき文部科学大臣が公示する中学校学習指導要領の規定
四 高等学校 学校教育法施行規則第83条又は第84条の規定
五 中等教育学校 前期課程にあっては学校教育法施行規則第107条又は第108条第1項において準用する同令第72条若しくは第74条の規定に基づき文部科学大臣が公示する中学校学習指導要領の規定、後期課程にあっては同令第108条第2項において準用する同令第83条又は第84条の規定に基づき文部科学大臣が公示する高等学校学習指導要領の規定
六 特別支援学校 学校教育法施行規則第126条から第129条までの規定
2 前項の基準は、次に掲げるとおりとする。
一 学校教育法施行規則第52条、第74条、第84条又は第129条の規定に基づき文部科学大臣が公示する小学校学習指導要領、中学校学習指導要領、高等学校学習指導要領又は特別支援学校小学部・中学部学習指導要領若しくは特別支援学校高等部学習指導要領において全ての児童又は生徒に履修させる内容として定められている事項（以下この号及び次号において「内容事項」という。）が、特別の教育課程において適切に取り扱われていること。ただし、異なる種類の学校間の連携により一貫した特別の教育課程を編成する場合（当該学校の設置者が異なる場合にあっては、当該設置者の協議に基づき定めるところにより教育課程を編成する場合に限る。）にあっては、当該特別の教育課程全体を通じて、内容事項が適切に取り扱われていること。
二 特別の教育課程において、内容事項を指導するために必要となる標準的な総授業時数が確保されていること。
三 特別の教育課程において、児童又は生徒の発達の段階並びに各教科等の特性に応じた内容の系統性及び体系性に配慮がなされていること。
四 小学校、中学校、義務教育学校、中等教育学校の前期課程又は特別支援学校の小学部若しくは中学部において特別の教育課程を編成する際には、保護者の経済的負担への配慮その他の義務教育における機会均等の観点からの適切な配慮がなされていること。
五 前各号に掲げるもののほか、児童又は生徒の転出入に対する配慮等の教育上必要な配慮がなされていること。
3 第1項の指定に関して必要な事項は、別に文部科学大臣が定める。
附 則
1 この告示は、平成20年4月1日から施行する。
2 平成20年4月1日において、現に構造改革特別区域法（平成14年法律第189号）第4条第8項の規定による内閣総理大臣の認定（同法第6条の規定による認定を含む。）を受けた構造改革特別区域計画に定められた構造改革特別区域研究開発学校設置事業として、学校教育法施行規則によらないで特別の教育課程を編成することが認められている小学校等は、文部科学大臣が、本告示により当該小学校等を指定したものとみなす。
附 則 （平成27年文部科学省告示第53号）
この告示は、平成28年4月1日から施行する。