不登校児童生徒の実態に配慮した特別の教育課程を編成して教育を実施する必要があると認められる場合、文部科学大臣が、学校教育法施行規則第56条に基づき（第79条（中学校）、第79条の6（義務教育学校）、第86条（高等学校）、第108条（中等教育学校）において準用）、学校を指定し、特定の学校において教育課程の基準によらずに特別の教育課程を編成して教育を実施することができます。
構造改革特別区域法（平成14年法律第189号）第2条第3項に規定する規制の特例措置である「不登校児童生徒等を対象とした学校設置に係る教育課程弾力化事業」の閣議決定（平成16年12月10日）に基づき、同法の手続によらずに実施できるよう、学校教育法施行規則の一部を改正し、その旨を平成17年7月6日付け初等中等教育局長通知において周知しています。
学校教育法施行規則第56条等及び関係告示（学校教育法施行規則第56条等の規定に基づく同令の規定によらないで教育課程を編成することができる場合（平成17年文部科学省告示第98号））において，指定に係る留意事項として以下のとおり定めています。
1 児童生徒について，不登校状態であるか否かは，小学校又は中学校における不登校児童生徒に関する文部科学省の調査で示された年間30日以上の欠席という定義が一つの参考となり得ると考えられるが，その判断は小学校、中学校、義務教育学校、高等学校、中等教育学校（以下「小学校等」という）又はその管理機関が行うこととし，例えば，断続的な不登校や不登校の傾向が見られる児童生徒も対象となり得るものであること。他方，不登校児童生徒以外の児童生徒については，特別の教育課程の対象にはなり得ないこと。
2 特別の教育課程とは，憲法，教育基本法の理念を踏まえ，学校教育法に定める学校教育の目標の達成に努めつつ，施行規則の定めにかかわらず編成される教育課程であること。
3 特別の教育課程を実施するにあたっては，不登校児童生徒の実態に配慮し，例えば不登校児童生徒の学習状況にあわせた少人数指導や習熟度別指導，個々の児童生徒の実態に即した支援（家庭訪問や保護者への支援等），学校外の学習プログラムの積極的な活用など指導上の工夫をすることが望ましいこと。
4 （1）市町村が新たに設置する高等学校若しくは中等教育学校又は学校法人が新たに設置する小学校，中学校，義務教育学校、高等学校若しくは中等教育学校において特別の教育課程を編成して教育を実施することを希望する場合，当該学校の設置認可の前に，特別の教育課程を編成して教育を実施する必要がある学校として指定を受ける必要があること。
（2）市町村が新たに設置する高等学校若しくは中等教育学校又は学校法人が新たに設置する小学校，中学校，義務教育学校、高等学校若しくは中等教育学校について，文部科学大臣が指定をした際には，文部科学省はその旨を速やかに，当該学校の設置認可権者（市町村立の高等学校又は中等教育学校については都道府県教育委員会，私立の小学校，中学校，高等学校又は中等教育学校については都道府県知事）に対して通知することとしているので，その旨留意すること。
5 指定を受けた小学校等については，文部科学省ホームページにおいて公表するものであること。
初等中等教育局児童生徒課生徒指導室