科学的な深海掘削への取組は、1959年に提唱されたマントルへの到達を目標とする「モホール計画」を起源とする。モホール計画では、1961年にカス1号という掘削船を用いて世界初の深海掘削を行ったが、約170mのコアを得ることしかできなかった。モホール計画は、1968年からのグローマー・チャレンジャー号を用いた深海掘削計画（Deep Sea Drilling Project、以下「DSDP」という）に受け継がれ、1975年からは、米国国立科学財団（National Science Foundation、以下「NSF」という）主導の国際プロジェクトとして実施され、我が国からは東京大学海洋研究所が参加した。
その後、米国主導のもと、22箇国が参加する国際深海掘削計画（Ocean Drilling Program、以下「ODP」という）が1985年から2003年まで行われた。これらの深海掘削計画は、プレートテクトニクスの証明、白亜紀の温暖化地球の把握、小天体衝突による生物大絶滅の詳細な過程の解明など多くの成果を上げ、地球科学の発展において重要な役割を果たした。
IODPは、ODP後の新しい計画として2003年10月より我が国と米国によって開始された国際研究協力プロジェクトであり、その後、欧州及びカナダの12箇国で構成される欧州海洋研究掘削コンソーシアム（European Consortium for Ocean Research Drilling、以下「ECORD」という）及び中国、韓国、インド、オーストラリア、ニュージーランド、ブラジルが参加し、国際的な推進体制が構築された。IODPは、我が国が提供するライザー方式の地球深部探査船「ちきゅう」と米国が提供するノンライザー方式の科学掘削船JR号を主力船とし、欧州が提供するMSPを加えた複数の掘削船を用い、地球上の各地の海底を掘削することで、地球環境変動解明、地球内部構造解明、地殻内生命探求などの科学目標を達成するため、戦略的かつ効果的に研究が実施されてきた。
IODPでは、これまでの成果をもとに、今後10年間（2013年－2023年）の研究計画として次期科学計画（New Science Plan、以下「NSP」という）を策定した。また、中央管理組織の簡素化などを行い、2013年10月より新たな枠組みのもとで次期IODPとして実施されることが合意されている。
研究開発局海洋地球課