※（ ）内は教官定員
| 大学名 | 全国共同利用施設 | 学内共同教育研究施設 | 学部附属教育研究施設等 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 北海道 | 触媒化学研究センター | （23） | エネルギー先端工学研究センター | （8） | （教育学研究科）乳幼児発達臨床センター | （2） |
| スラブ研究センター | （14） | 量子集積エレクトロニクス研究センター | （6） | （理学研究科）地震火山研究観測センター | （15） | |
| 帯広畜産 | 原虫病研究センター | （10） | ||||
| 北見工業 | 未利用エネルギー研究センター | （2） | ||||
| 弘前 | （理工学部）地震火山観測所 | （2） | ||||
| （医学部）脳神経血管病態研究施設 | （10） | |||||
| 岩手 | （工学部）金属材料保全工学研究センター | （4） | ||||
| （農学部）寒冷バイオシステム研究センター | （6） | |||||
| 東北 | 学際科学研究センター | （3） | （医学系研究科）創生応用医学研究センター | （15） | ||
| 超臨界溶媒工学研究センター | （9） | （工学研究科）災害制御研究センター | （6） | |||
| 東北アジア研究センター | （26） | （理学研究科）化学機器分析センター | （1） | |||
| （理学研究科）地震・噴火予知研究観測センター | （16） | |||||
| （理学研究科）大気海洋変動観測研究センター | （9） | |||||
| （理学研究科）ニュートリノ科学研究センター | （6） | |||||
| （理学研究科）惑星プラズマ・大気研究センター | （5） | |||||
| （工学研究科）破壊制御システム研究施設 | （8） | |||||
| （理学研究科）原子核理学研究施設 | （11） | |||||
| 秋田 | （工学資源学部）素材資源システム研究施設 | （12） | ||||
| 茨城 | （工学部）超塑性工学研究センター | （6） | ||||
| 筑波 | 計算物理学研究センター | （11） | 加速器センター | （3） | ||
| 先端学際領域研究センター | （12） | |||||
| 知的コミュニティ基盤研究センター | （7） | |||||
| プラズマ研究センター | （7） | |||||
| 陽子線医学利用研究センター | （8） | |||||
| 陸域環境研究センター | （5） | |||||
| 農林技術センター | （12） | |||||
| 菅平高原実験センター | （3） | |||||
| 教育開発国際協力研究センター | （3） | |||||
| 宇都宮 | 野生植物科学研究センター | （7） | ||||
| 群馬 | （医学部）薬剤耐性菌実験施設 | （1） | ||||
| （医学部）行動医学研究施設 | （12） | |||||
| 埼玉 | 地圏科学研究センター | （6） | ||||
| 千葉 | 環境リモートセンシング研究センター | （13） | 海洋バイオシステム研究センター | （6） | ||
| 真菌医学研究センター | （18） | |||||
| 東京 | 気候システム研究センター | （10） | アジア生物資源環境研究センター | （9） | （経済学研究科）日本経済国際共同研究センター | （7） |
| 素粒子物理国際研究センター | （17） | 環境安全研究センター | （5） | （工学部）総合試験所 | （32） | |
| 空間情報科学研究センター | （10） | （人文社会系研究科）北海文化研究常呂実習施設 | （1） | |||
| 原子力研究総合センター | （6） | （総合文化研究科）アメリカ太平洋地域研究センター | （5） | |||
| 高温プラズマ研究センター | （4） | （法学政治学研究科）比較法政国際センター | （3） | |||
| 駒場オープンラボラトリー | （1） | （理学系研究科）原子核科学研究センター | （13） | |||
| 人工物工学研究センター | （8） | （工学系研究科）水環境制御研究センター | （2） | |||
| 生物生産工学研究センター | （7） | （工学系研究科）量子相エレクトロニクス研究センター | （4） | |||
| 先端科学技術研究センター | （45） | （理学系研究科）スペクトル化学研究センター | （3） | |||
| 先端経済工学研究センター | （5） | （理学系研究科）地殻化学実験施設 | （7） | |||
| 医学教育国際協力研究センター | （3） | （理学系研究科）天文学教育研究センター | （15） | |||
| （理学系研究科）ビッグバン宇宙国際研究センター | （4） | |||||
| （工学系研究科）原子力工学研究施設 | （12） | |||||
| （人文社会系研究科）文化交流研究施設 | （6） | |||||
| 東京学芸 | 教員養成カリキュラム開発研究センター | （5） | （教育学部）特殊教育研究施設 | （12） | ||
| 国際教育センター | （6） | |||||
| 東京農工 | （農学部）硬蛋白質利用研究施設 | （6） | ||||
| 東京芸術 | （美術学部）古美術研究施設 | （1） | ||||
| 東京工業 | 火山流体研究センター | （5） | （理工学研究科）像情報工学研究施設 | （13） | ||
| 極低温物性研究センター | （2） | |||||
| 炭素循環エネルギー研究センター | （6） | |||||
| 文教施設研究開発センター | （3） | |||||
| 理財工学研究センター | （4） | |||||
| 量子効果エレクトロニクス研究センター | （6） | |||||
| お茶の水女子 | ジェンダー研究センター | （2） | ||||
| 生活環境研究センター | （4） | |||||
| 電気通信 | レーザー新世代研究センター | （8） | （電気通信学部）菅平宇宙電波観測所 | （1） | ||
| 一橋 | イノベーション研究センター | （11） | ||||
| 新潟 | 積雪地域災害研究センター | （8） | （医歯学総合研究科）腎研究施設 | （9） | ||
| 長岡技術科学 | 極限エネルギー密度工学研究センター | （4） | ||||
| 富山 | 極東地域研究センター | （5） | ||||
| 水素同位体科学研究センター | （7） | |||||
| 金沢 | 自然計測応用研究センター | （19） | ||||
| 福井 | 遠赤外領域開発研究センター | （5） | （工学部）超低温物性実験施設 | （1） | ||
| 福井医科 | 高エネルギー医学研究センター | （4） | ||||
| 山梨 | クリーンエネルギー研究センター | （4） | （工学部）クリスタル科学研究センター | （12） | ||
| （工学部）ワイン科学研究センター | （8） | |||||
| 信州 | （医学部）加齢適応研究センター | （14） | ||||
| （繊維学部）高分子工業研究施設 | （4） | |||||
| （教育学部）志賀自然教育研究施設 | （1） | |||||
| 岐阜 | 流域圏科学研究センター | （12） | （医学部）嫌気性菌実験施設 | （2） | ||
| 静岡 | （理学部）放射化学研究施設 | （4） | ||||
| 浜松医科 | 光量子医学研究センター | （9） | ||||
| 名古屋 | 地球水循環研究センター | （12） | 環境量子リサイクル研究センター | （3） | （環境学研究科）地震火山観測研究センター | （11） |
| 高効率エネルギー変換研究センター | （6） | （経済学研究科）国際経済動態研究センター | （4） | |||
| 生物分子応答研究センター | （13） | （医学系研究科）病態制御研究施設 | （14） | |||
| 難処理人工物研究センター | （11） | |||||
| 年代測定総合研究センター | （5） | |||||
| 物質科学国際研究センター | （12） | |||||
| 理工科学総合研究センター | （23） | |||||
| 農学国際教育協力研究センター | （4） | |||||
| 法政国際教育協力研究センター | （3） | |||||
| 名古屋工業 | 極微構造デバイス研究センター | （3） | ||||
| セラミックス基盤工学研究センター | （7） | |||||
| 豊橋技術科学 | 未来技術流動研究センター | （2） | ||||
| 工学教育国際協力研究センター | （4） | |||||
| 滋賀医科 | 分子神経科学研究センター | （9） | ||||
| 京都 | 生態学研究センター | （14） | 環境保全センター | （1） | （工学研究科）イオン工学実験施設 | （3） |
| 宙空電波科学研究センター | （17） | 低温物質科学研究センター | （9） | （理学研究科）天文台 | （4） | |
| 放射線生物研究センター | （8） | 東南アジア研究センター | （27） | （医学研究科）高次脳機能総合研究センター | （6） | |
| （医学研究科）先天異常標本解析センター | （1） | |||||
| （工学研究科）環境質制御研究センター | （5） | |||||
| （工学研究科）量子理工学研究実験センター | （4） | |||||
| （理学研究科）分子発生生物学研究センター | （2） | |||||
| （理学研究科）地球熱学研究施設 | （10） | |||||
| 京都工芸繊維 | ショウジョウバエ遺伝資源センター | （3） | ||||
| 大阪 | 核物理研究センター | （17） | 極限科学研究センター | （6） | （人間科学研究科）比較行動実験施設 | （2） |
| 生物工学国際交流センター | （6） | （理学研究科）原子核実験施設 | （3） | |||
| 先導的研究オープンセンター | （1） | （工学研究科）超精密科学研究センター | （3） | |||
| 太陽エネルギー化学研究センター | （4） | （理学研究科）分子熱力学研究センター | （4） | |||
| 超高圧電子顕微鏡センター | （5） | （工学研究科）超高温理工学研究施設 | （7） | |||
| 超伝導フォトニクス研究センター | （6） | |||||
| 保全科学研究センター | （3） | |||||
| レーザー核融合研究センター | （25） | |||||
| 神戸 | 都市安全研究センター | （16） | （医学部）医学研究国際交流センター | （5） | ||
| バイオシグナル研究センター | （13） | |||||
| 分子フォトサイエンス研究センター | （6） | |||||
| 神戸商船 | （商船学部）船貨輸送研究施設 | （6） | ||||
| 奈良女子 | 共生科学研究センター | （3） | ||||
| 鳥取 | 乾燥地研究センター | （13） | （医学部）脳幹性疾患研究施設 | （15） | ||
| 島根 | 汽水域研究センター | （5） | ||||
| 岡山 | 固体地球研究センター | （16） | （理学部）界面科学研究施設 | （5） | ||
| 広島 | 放射光科学研究センター | （7） | ナノデバイス・システム研究センター | （7） | （経済学部）地域経済システム研究センター | （2） |
| 高等教育研究開発センター | （12） | （理学研究科）植物遺伝子保管実験施設 | （2） | |||
| 教育開発国際協力研究センター | （4） | （理学研究科）宮島自然植物実験所 | （1） | |||
| （理学研究科）両生類研究施設 | （10） | |||||
| （教育学研究科）幼年教育研究施設 | （4） | |||||
| 徳島 | ゲノム機能研究センター | （10） | ||||
| 分子酵素学研究センター | （22） | |||||
| 愛媛 | 沿岸環境科学研究センター | （12） | ||||
| 地球深部ダイナミクス研究センター | （7） | |||||
| 高知 | 海洋コア研究センター | （4） | （理学部）高知地震観測所 | （1） | ||
| （理学部）水熱化学実験所 | （3） | |||||
| 九州 | 韓国研究センター | （7） | （工学研究部）環境システム科学研究センター | （17） | ||
| システムLSI研究センター | （10） | （システム情報科学研究部）超伝導科学研究センター | （3） | |||
| 生物環境調節センター | （5） | （人間環境学教育部）発達臨床心理センター | （4） | |||
| 宙空環境研究センター | （9） | （理学研究部）地震火山観測研究センター | （6） | |||
| 熱帯農学研究センター | （6） | （農学研究部）遺伝子資源開発研究センター | （8） | |||
| 有機化学基礎研究センター | （21） | （医学研究部）胸部疾患研究施設 | （3） | |||
| （農学研究部）生物的防除研究施設 | （6） | |||||
| （医学研究部）心臓血管研究施設 | （11） | |||||
| （医学研究部）脳神経病研究施設 | （12） | |||||
| 佐賀 | 海浜台地生物生産研究センター | （4） | ||||
| 海洋エネルギー研究センター | （4） | |||||
| 低平地研究センター | （5） | |||||
| 長崎 | （医学部）原爆後障害医療研究施設 | （31） | ||||
| 熊本 | エイズ学研究センター | （8） | （工学部）工学研究機器センター | （0） | ||
| 衝撃・極限環境研究センター | （8） | |||||
| 発生医学研究センター | （31） | |||||
| 鹿児島 | 多島圏研究センター | （4） | （理学部）南西島弧地震火山観測所 | （2） | ||
| （医学部）難治性ウイルス疾患研究センター | （6） | |||||
| （医学部）腫瘍研究施設 | （4） | |||||
| 琉球 | 熱帯生物圏研究センター | （12） | （医学部）沖縄・アジア医学研究センター | （8） | ||
| 政策研究大学院 | 政策研究プロジェクトセンター | （20） | 政策情報研究センター | （1） | ||
| 施設数 | 20 | 102 | 89 | |||
合計 211施設
研究振興局振興企画課学術企画室
-- 登録：平成21年以前 --