（任期：平成21年2月1日～平成23年1月31日）
| 分科会長 | 佐々木毅 | 学習院大学法学部教授 |
|---|---|---|
| 分科会長代理 | 白井克彦 | 早稲田大学総長 |
| 有川節夫 | 九州大学総長 | |
| 石井志保子 | 東京工業大学大学院理工学研究科教授 | |
| 樫谷隆夫 | 日本公認会計士協会常務理事 | |
| 小林誠 | 独立行政法人日本学術振興会理事 | |
| 佐藤禎一 | 独立行政法人国立文化財機構理事、東京国立博物館長 | |
| 鈴木厚人 | 高エネルギー加速器研究機構長 | |
| 田代和生 | 慶應義塾大学大学院文学研究科教授 | |
| 中西友子 | 東京大学大学院農学生命科学研究科教授 | |
| 西山徹 | 味の素株式会社技術特別顧問 | |
| 深見希代子 | 東京薬科大学生命科学部教授 | |
| 三宅なほみ | 東京大学大学院教育学研究科教授 |
| 家泰弘 | 東京大学物性研究所長 | |
| 伊藤早苗 | 九州大学応用力学研究所教授 | |
| 井上明久 | 東北大学総長 | |
| 井上一 | 独立行政法人宇宙航空研究開発機構理事・宇宙科学研究本部長 | |
| 内田伸子 | お茶の水女子大学理事・副学長 | |
| 岡田清孝 | 自然科学研究機構基礎生物学研究所所長 | |
| 岡本義朗 | 国家公務員制度改革推進本部事務局次長 | |
| 甲斐知惠子 | 東京大学医科学研究所教授 | |
| 樺山紘一 | 印刷博物館館長、東京大学名誉教授 | |
| 鈴村興太郎 | 早稲田大学政治経済学部教授・日本学術会議副会長 | |
| 巽和行 | 名古屋大学物質科学国際研究センター教授・センター長 | |
| 谷口維紹 | 東京大学大学院医学系研究科教授 | |
| 西尾章治郎 | 大阪大学理事・副学長 | |
| 平尾一之 | 京都大学大学院工学研究科教授 | |
| 水野紀子 | 東北大学大学院法学研究科教授 | |
| 宮下保司 | 東京大学大学院医学系研究科教授 |
（平成21年2月2日現在）
研究振興局学術機関課
-- 登録：平成21年以前 --