平成16年4月1日現在
| 機関名 | 創設 | 設置目的 | 創設経緯等 | 日本学術会議勧告 | |
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| 高エネルギー物理学研究所 ※平成9年4月高エネルギー加速器研究機構に廃止・転換 |
昭和46年4月 | 高エネルギー陽子加速器による素粒子に関する実験的研究及びこれに関連する研究 | 昭和37年5月 日本学術会議勧告 昭和44年8月 学術審議会答申 昭和45年7月 日本学術会議申入れ |
昭和37年 | |
| 国文学研究資料館 昭和24年 資料館（所轄研究所） |
昭和47年5月 | 国文学に関する文献その他の資料の調査研究、収集、整理及び保存 | 昭和41年12月 日本学術会議勧告 昭和45年9月 学術審議会答申 昭和47年5月 改組 |
昭和41年 | |
| 国立極地研究所 昭和45年 極地研究センター（国立科学博物館） |
昭和48年9月 | 極地に関する科学の総合研究及び極地観測 | 昭和36年5月 日本学術会議勧告 昭和36年5月 日本学術会議申入れ 昭和48年9月 国立科学博物館から独立 |
昭和36年 | |
| 国立民族学博物館 | 昭和49年6月 | 世界の諸民族に関する資料の収集、保管及び公衆への供覧並びに民族学に関する調査研究 | 昭和40年5月 日本学術会議勧告 昭和40年7月 学術奨励審議会学術研究体制分科会報告 |
昭和40年 | |
| 分子科学研究所 | 昭和50年4月 | 分子の構造、機能等に関する実験的研究及びこれに関連する理論的研究 | 昭和40年12月 日本学術会議勧告 昭和48年10月 学術審議会報告 昭和56年4月 岡崎国立共同研究機構として再編成 |
昭和40年 | |
| 基礎生物学研究所 | 昭和52年5月 | 基礎生物学に関する総合研究 | 昭和41年5月 日本学術会議勧告 昭和48年10月 学術審議会報告 昭和52年5月 生物科学総合研究機構 昭和56年4月 岡崎国立共同研究機構として再編成 |
昭和41年 | |
| 生理学研究所 | 昭和52年5月 | 生理学に関する総合研究 | 昭和42年11月 日本学術会議勧告 昭和48年10月 学術審議会報告 昭和52年5月 生物科学総合研究機構 昭和56年4月 岡崎国立共同研究機構として再編成 |
昭和42年 | |
| 国立歴史民俗博物館 | 昭和56年4月 | 我が国の歴史資料、考古資料及び民俗資料の収集、保管及び公衆への供覧並びに歴史学、考古学及び民俗学に関する調査研究 | 昭和41年11月 明治百年記念準備会議（総理府）閣議報告 昭和55年6月 学術審議会了解 |
‐ | |
| 国立遺伝学研究所 昭和24年6月 国立遺伝学研究所（所轄研究所） |
昭和59年4月 | 遺伝学に関する総合研究 | 昭和48年10月 学術審議会答申 昭和57年1月 学術審議会審議まとめ 昭和58年3月 臨時行政調査会答申 昭和58年5月 閣議決定 昭和59年2月 学術審議会答申 昭和59年4月 改組 |
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| 統計数理研究所 昭和19年6月 統計数理研究所（所轄研究所） |
昭和60年4月 | 統計に関する数理及びその応用の研究 | 昭和48年10月 学術審議会答申 昭和57年1月 学術審議会審議まとめ 昭和58年3月 臨時行政調査会答申 昭和58年5月 閣議決定 昭和59年2月 学術審議会答申 昭和60年4月 改組 |
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| 学術情報センター 昭和58年4月 東大・文献情報センター ※平成12年4月国立情報学研究所に廃止・転換 |
昭和61年4月 | 学術情報の収集、整理及び提供並びに学術情報及び学術情報システムに関する総合的な研究及び開発 | 昭和48年10月 学術審議会答申 昭和49年11月 日本学術会議勧告 昭和52年11月 日本学術会議勧告 昭和55年1月 学術審議会答申 昭和55年11月 日本学術会議勧告 昭和61年4月 東大文献情報センターを改組 |
昭和49年 | |
| 国際日本文化研究センター | 昭和62年5月 | 日本文化に関する国際的及び学際的な総合研究並びに世界の日本研究者に対する研究協力 | 昭和60年7月 学術審議会審議 | ‐ | |
| 国立天文台 大正9年 緯度観測所（所轄研究所） 大正10年 東大・東京天文台 |
昭和63年7月 | 天文学及びこれに関連する分野の研究、天象観測並びに暦書編製、中央標準時の決定及び現示並びに時計の検定に関する事務 | 昭和48年10月 学術審議会答申 昭和58年3月 臨時行政調査会答申 昭和59年2月 学術審議会答申 昭和63年7月 東京大学東京天文台等を改組統合 |
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| 核融合科学研究所 昭和36年 名大・プラズマ研究所 |
平成元年5月 | 核融合科学に関する総合研究 | 昭和61年2月 学術審議会核融合部会報告 | ‐ | |
| 高エネルギー加速器研究機構 昭和46年4月 高エネルギー物理学研究所 |
平成9年4月 | 平成5年7月 学術審議会とりまとめ 平成9年4月 高エネルギー物理学研究所、東京大学原子核研究所等を廃止・転換 |
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| 高エネルギー加速器研究機構 昭和46年4月 高エネルギー物理学研究所 |
素粒子原子核研究所 | 平成9年4月 | 高エネルギー加速器による素粒子及び原子核に関する実験的研究並びにこれに関連する理論的研究 | 平成9年4月 高エネルギー物理学研究所、東京大学原子核研究所等を廃止・転換 | ‐ |
| 物質構造科学研究所 | 平成9年4月 | 高エネルギー加速器による物質の構造及び機能に関する実験的研究並びにこれに関連する理論的研究 | 平成9年4月 高エネルギー物理学研究所、東京大学原子核研究所等を廃止・転換 | ‐ | |
| 国立情報学研究所 （昭和61年4月学術情報センター） |
平成12年4月 | 情報学に関する総合研究並びに学術情報の流通のための先端的な基盤の開発及び整備 | 平成9年5月 日本学術会議勧告 平成10年1月 学術審議会提言 平成12年4月 学術情報センターを廃止・転換 |
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| 総合地球環境学研究所 | 平成13年4月 | 地球環境学に関する総合研究 | 平成7年1月 内閣総理大臣私的諮問提言 平成7年4月 学術審議会建議 |
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研究振興局学術機関課
-- 登録：平成21年以前 --