前章の共通原則に沿うことに加えて、「研究開発施策」、「研究開発課題」、「研究開発機関等」及び「研究者等の業績」のそれぞれの評価対象ごとに、次のことに留意して評価を実施する。
研究開発実施・推進主体及び第三者評価機関は、国及び府省の政策目標や機関等の設置目的を達成するために策定した研究開発政策、戦略、制度、プログラム等の研究開発施策が、国の政策や機関等の設置目的に照らして妥当であるか、関連施策との連携を保ちながら効果的・効率的に推進されているか、施策の目的に照らして妥当な成果が得られているか（又はその見込みがあるか）等に特に留意して評価する。
研究開発施策の評価結果については、当該研究開発施策の見直しや改善、より良い施策の形成等のために活用する。
なお、研究開発施策の評価については、その実施状況にかんがみ、今後、その一層の定着・充実を図ることとする。
研究開発課題は、研究者等が具体的に研究開発を行う個別のテーマであり、その目的や基礎研究、応用研究、開発研究等の性格、分野等は、広範かつ多様である。このため、課題の目的、性格、分野等に応じて、評価手法や評価項目等を適切なものにする。
また、研究開発課題は、公募により複数の候補の中から優れたものが競争的に選択され、実施される「競争的研究資金による課題」、国が定めた明確な目的や目標に沿って重点的に推進される「重点的資金による課題」及び研究開発機関に経常的に配分された資金により実施される「基盤的資金による課題」に区分される。各々については、以下の（1）から（3）に留意して評価を実施する。
なお、委託先や共同研究の相手先となる民間機関や公設試験研究機関等で国費の支出を受けて実施される研究開発課題について、評価実施主体は、評価実施上の共通原則を踏まえつつも、民間機関や公設試験研究機関等における評価方法等も考慮し、適切な方法で相応の評価を行う。
競争的研究資金による研究開発課題は、大きく「研究者の自由な発想に基づく基礎研究」と特定の政策目的を実現するための「研究目的を指定された研究」に二分される。
「研究者の自由な発想に基づく基礎研究」は、高い資質を有した専門家によって、国際的水準に照らしたピアレビューを行う。「研究目的を指定された研究」は、科学的・技術的な観点からの評価に加え、社会的・経済的な観点からの評価も重視して実施する。
課題の採択の可否を審査する事前評価に当たっては、少数意見も尊重し、斬新な発想や創造性等を見過ごさないよう十分に配慮することが重要である。また、これまでに応募実績のない者や少ない者（若手研究者、産業界の研究者等）については、研究内容や計画に重点を置いて的確に評価し、研究開発の機会が与えられるようにする。
グループ研究の場合は、参画研究者の役割分担、実施体制、責任体制の明確さ（研究代表者の責任を含む。）についても評価する。
さらに、優れた成果が期待され、かつ研究開発の発展が見込まれる課題については、当初の研究開発期間を超えて切れ目なく継続が可能となるように、研究開発期間の終了前に、引き続き新たな研究開発期間を設定するための評価を適切に行う仕組みを導入する。
重点的資金による研究開発課題は、その企画が上位の研究開発施策等と整合し、かつその決定方法が妥当であるか、目的とする具体的な成果が得られているか（又はその見込みがあるか）に特に留意して評価する。また、科学技術の進展、社会や経済の情勢の変化により、評価の項目、基準等が変わることに留意する。特に応用研究、開発研究等については、社会的・経済的な観点からの評価を重視する。
大規模プロジェクトについては、責任体制の明確さ（研究代表者の責任を含む。）、費用対効果等を含めて、特に厳正に評価するとともに、評価の客観性及び公正さをより高めるため、外部評価の活用を徹底し、必要に応じて第三者評価を活用する。また、国民の理解を得るために、例えば事前評価では計画の内容等を、事後評価においては得られた成果等を、インターネット等を通じて広く公表し、必要に応じて国民の意見を評価に反映させる等の工夫を行う。
国際共同プロジェクトについては、国際的な役割分担、国際貢献、国益上の意義や効果等についても評価する。
研究開発機関の長の責任において、機関の設置目的等に照らして、評価や評価結果の資源配分への反映等のためのルールを適切に設定し、評価を実施する。その際、論文発表等を通じた当該研究分野における研究者間における評価等を活用する等、効率的で適切な方法で実施する。
研究開発機関等の設置目的や中期目標等に即して、機関運営と研究開発の実施・推進の面から行う。なお、評価の客観性及び公正さをより高めるため、第三者評価を積極的に活用する。
機関運営面では、研究目的・目標の達成や研究開発環境の整備等のためにどのような運営を行ったかについて、効率性の観点も重視しつつ評価を行う。機関運営面の評価項目としては、例えば、支援体制や知的基盤の整備、人材の養成・確保や流動性の促進、産学官連携、専門研究分野を活かした社会貢献等に対する取組が考えられるが、各研究開発機関等の設置目的や中期目標等に即して適切に評価項目を選定し、評価する。
研究開発の実施・推進面では、研究開発機関等が実施・推進した研究開発施策や課題等の総体で評価を行う。この場合、個別の施策や課題等について行われた評価の結果を適切に活用する。評価結果は、機関運営のための予算、人材等の資源配分に反映させる。
また、こうした研究開発機関等の運営は、機関長の裁量の下で行われるものであり、研究開発機関等の評価結果を責任者たる機関長の評価につなげる。
なお、この他に、研究開発機関等の性格に応じて次のとおり実施する。
大学等については、学校教育法等に規定する自己点検・評価を厳正に行う。その際、自主性の尊重、教育と研究の一体的な推進等その特性に留意する。また、国立大学法人及び大学共同利用機関法人については、「国立大学法人法」に基づく中期目標期間の実績（中期目標の達成状況等）を国立大学法人評価委員会で評価（教育研究の状況については、大学評価・学位授与機構において評価を実施し、その結果を尊重。）し、文部科学省において、評価結果を、運営費交付金の適切な配分等に反映させる。さらに、これらに加えて、大学評価・学位授与機構等による教育、研究、社会貢献、組織運営等の第三者評価を推進する。
独立行政法人研究機関については、「独立行政法人通則法」に基づく中期目標期間の実績（中期目標の達成状況等）を独立行政法人評価委員会で評価し、各府省において評価結果を、運営費交付金の適切な配分等に反映させるとともに、独立行政法人研究機関は、機関の運営に評価結果を反映させるよう努める。
国費の支出を受けて研究開発（委託及び共同研究等）を実施する民間機関、公設試験研究機関等については、評価実施主体は、課題評価の際等に、これら機関における当該課題の研究開発体制に関わる運営面に関し、国費の効果的・効率的執行を確保する観点から、必要な範囲で評価を行う。
機関長が機関の設置目的等に照らして適切かつ効率的な評価のためのルールを整備して、責任をもって実施する。その際、研究者には多様な能力や適性があることに十分配慮し、研究開発に加え、研究開発の企画・管理や評価活動、社会への貢献等の関連する活動に着目するとともに、質を重視した評価を実施する。その際、大学等の場合は、研究と教育の両面の機能を有することに留意する。
また、研究者が挑戦した課題の困難性等も考慮に入れるなど、研究者を萎縮させず果敢な挑戦を促すなどの工夫が必要である。
さらに、研究開発を推進するためには、研究支援者の協力が不可欠である。研究支援者の専門的な能力、研究開発の推進に対する貢献度等を適切に評価することが必要である。
研究振興局振興企画課学術企画室