我が国は、科学技術創造立国の実現を目指して、「科学技術基本法」（平成7年法律第130号）を制定した。本法に基づき第1期科学技術基本計画（平成8年7月閣議決定）、第2期科学技術基本計画（平成13年3月閣議決定）が策定された。第2期科学技術基本計画においては、社会・経済をめぐる課題を解決するとともに、知の創造と活用により世界に貢献する等、国の持続的発展や国際的地位にふさわしい国の姿を実現するためには、科学技術の戦略的重点化、科学技術システムの改革、科学技術活動の国際化の推進の重要政策が不可欠であるとされ、優れた成果を生み出す科学技術システムを実現するための柱の一つとして、評価システムの改革が挙げられている。
研究開発評価については、第1期科学技術基本計画に基づき、「国の研究開発全般に共通する評価の実施方法の在り方についての大綱的指針」（平成9年8月内閣総理大臣決定）を策定するとともに、第2期科学技術基本計画に基づき、新たに「国の研究開発評価に関する大綱的指針」（平成13年11月内閣総理大臣決定。以下「旧大綱的指針」という。）を策定し、研究開発評価システムの改革を進める中で、公正・透明な評価の着実な実施とその質の向上、評価結果の資源配分への適切な反映、評価に必要な資源の確保と評価体制の整備等を図ってきた。今般、総合科学技術会議において、旧大綱的指針のフォローアップが行われ、評価システムの改革の進展や評価の一定の定着が明らかになった一方、改革の進展がなお不十分な点や評価の実施に伴う新たな課題も明らかになり、今後、1．創造への挑戦を励まし成果を問う評価、2．世界水準の信頼できる評価、及び3．活用され変革を促す評価を目指すという改善方向も提言された。本指針は、これを受けて旧大綱的指針を発展的に見直したものである。
本指針による評価は、「行政機関が行う政策の評価に関する法律」（平成13年法律第86号）に基づく政策評価と対象とする範囲は異なるが、基本的に目指す方向を同じくするものである。本指針は、政策評価に求められている諸要素を踏まえ、さらに、研究開発の特性を考慮したものである。本指針による評価の実施に当たっては、同法に基づく政策評価と整合するように取り組むこととする。また、研究開発機関等の評価のうち、独立行政法人研究機関（研究開発資金を配分する法人を含む。）については「独立行政法人通則法」（平成11年法律第103号）に基づく評価、さらに国立大学法人及び大学共同利用機関法人については「国立大学法人法」（平成15年法律第112号）に基づく評価と整合するように取り組むこととする。
本指針は、研究開発に関する評価について基本的な方針を示したガイドラインとして定めたものであり、各種の評価を実施又は運営する主体がその特性や研究開発の性格に応じてこれに沿った評価を実施・運営することによって、研究開発に適した効率的で質の高い評価が行われ、優れた研究開発が効果的・効率的に行われることを目指すものである。
本指針は評価実施主体である研究開発実施・推進主体（注1）又は本指針が対象とする研究開発について第三者評価を行う機関（第三者評価機関：注2）が行う評価について適用される。各府省は、本指針に沿って、評価方法等を定めた具体的な指針を策定することとする。また、研究開発機関等及び第三者評価機関は、本指針及び各府省の指針に沿って、明確なルールを定め、各機関や対象となる研究開発等の特徴、性格を踏まえた適切な評価を実施することとする。
（注1）研究開発実施・推進主体としては、次のものが想定される。
（注2）第三者評価機関としては、次のものが想定される。
研究振興局振興企画課学術企画室