平成15年2月以降、本日を含めて計6回開催。
国立大学等の法人化を踏まえ、平成15年4月に「大学共同利用機関の法人化について」及び「新たな国立大学法人制度における附置研究所及び研究施設の在り方について」を審議決定した。平成15年10月には、基本問題特別委員会より報告された「ビッグサイエンスの在り方について（案）」について審議の上、取りまとめた。
また、平成16年3月に学術分科会の今後の検討体制について審議を行い、学術研究の推進のための具体的な方策及び評価に係る事項を調査審議する「学術研究推進部会」を設置し、平成16年11月に「学術研究における多様な分野の総合的な推進方策について」の審議を開始した。平成17年1月には「第3期科学技術基本計画に盛り込まれるべき学術研究の推進方策について（意見のまとめ）」を取りまとめた。
平成16年3月18日設置。平成16年7月以降、計6回開催。
平成16年7月から8月にかけて、平成17年度概算要求における特別教育研究経費（学術研究関係）について審議し、平成17年度概算要求に係る大型プロジェクト等のヒアリングを実施した。
また、学術分科会で「学術研究における多様な分野の総合的な推進方策について」の審議が始まったことを受け、同議題に関するより具体的な推進方策について審議を開始し、平成17年1月にこれまでの審議状況を審議経過報告として取りまとめた。さらに、第3期科学技術基本計画に盛り込まれるべき学術研究の推進方策について審議を行い、平成17年1月に部会案を取りまとめた。
平成16年11月15日設置。平成17年1月に、第1回を開催。
我が国の学術情報基盤が抱える課題について自由討論を行った。また、本作業部会の下に、コンピュータ・ネットワーク、大学図書館等、学術情報発信の3つのワーキンググループを設置し、それぞれ検討を開始した。
平成17年1月11日設置。平成17年1月に第1回を開催。
大学等における学術研究の設備の在り方について、文部科学省より現状調査等の説明を行うとともに、委員から事例発表を行った後、自由討論を行った。
※ 核融合研究作業部会、大強度陽子加速器計画評価作業部会については、基本問題特別委員会部分を参照願います。
平成15年2月以降、計17回開催。
科学研究費補助金の評価と改善について審議を行った。評価については、総合科学技術会議から出された「競争的研究資金制度改革について」（意見）をも考慮しつつ検討を行い、平成15年5月に「科学研究費補助金制度の評価について」を取りまとめた。
また、科学研究費補助金制度の改正について、「応募資格の見直し」、「不正使用の防止」、「研究費全体の中における科研費の在り方」等の9事項を審議し、平成16年6月の「科学研究費補助金の在り方について（中間まとめ）」の取りまとめを経て、平成16年12月に「科学研究費補助金の在り方について（報告）」を取りまとめた。
平成15年2月以降、計12回開催。
科学研究費補助金の評価に関する諸規程の一本化及び必要な改正を行った。
「特定領域研究」のうち、がん・ゲノム・脳に係る領域について、各領域毎に領域委員会を設置して当該領域の今後の推進方策の検討を行い、平成15年6月に今後の推進方策について取りまとめた。
「特別推進研究」、「特定領域研究」、「特別研究促進費」、「研究成果公開発表」及び「特定奨励費」について、平成15年度、16年度の補助対象を決定した。
「特別推進研究」及び「特定領域研究」について、平成15年度、16年度の中間・事後評価結果を取りまとめた。
日本学術振興会が審査業務を行う「基盤研究（C）」に係る「時限付き分科細目」について、平成16年度は7細目、17年度は4細目を新たに設定した。
第一期より継続設置。平成15年3月以降、計9回開催。
ビッグサイエンスの意義、推進の在り方等について検討を行い、平成15年9月に「ビッグサイエンスの在り方について（案）」を取りまとめた。
また、国立大学等の法人化などの学術研究に関わる制度、環境の変化を踏まえ、学術研究の意義を再確認し、今後の学術研究の推進に向け特に留意すべき点等について検討を行い、平成16年6月に「これからの学術研究の推進について」を取りまとめた。
今後の学術分科会の検討体制の充実・強化という観点から、新しい部会の設置について議論を行った。平成16年3月開催の学術分科会において学術研究推進部会が設置され、基本問題特別委員会の下に設置されていた各作業部会は、学術研究推進部会の下に改組された。
平成15年9月8日設置。第二期中、未開催。
平成15年11月4日、研究計画・評価分科会原子力分野の研究開発の評価に関する委員会と合同設置。平成15年11月以降、計4回開催。
日本原子力研究所と高エネルギー加速器研究機構が共同で建設中の大強度陽子加速器計画について、ニュートリノ実験施設の建設とリニアック（線形加速器）のエネルギー回復に焦点を絞り、今後の計画の進め方について中間評価を実施し、その結果を「大強度陽子加速器計画中間評価報告書」として取りまとめた。
第一期より継続設置。平成15年2月以降、計2回開催。
大学共同利用機関の法人化後の制度設計の在り方や再編の在り方について、国立大学法人法等の検討状況を勘案しつつ、第一期にとりまとめた中間報告を踏まえ、更なる検討を行い、平成15年2月に「大学共同利用機関の法人化について（案）」を最終的に取りまとめた。
第一期より継続設置。平成15年2月以降、計5回開催。
法人化後の附置研究所及び研究施設に求められる役割や機能について、第一期にとりまとめた中間報告を踏まえ、更なる検討を行い、平成15年4月に「新たな国立大学法人制度における附置研究所及び研究施設の在り方について（案）」を最終的に取りまとめた。
平成15年4月24日 「大学共同利用機関の法人化について」（学術分科会）
平成15年4月24日 「新たな国立大学法人制度における附置研究所及び研究施設の在り方について」（学術分科会）
平成15年5月27日 「科学研究費補助金制度の評価について」（研究費部会）
平成15年6月30日 「科学研究費補助金における今後のがん研究の推進方策について」（科学研究費補助金審査部会）
平成15年6月30日 「科学研究費補助金における今後のゲノム研究の推進方策について」（科学研究費補助金審査部会）
平成15年6月30日 「科学研究費補助金における今後の脳研究の推進方策について」（科学研究費補助金審査部会）
平成15年10月2日 「ビッグサイエンスの在り方について」（学術分科会）
平成15年12月2日 「大強度陽子加速器計画中間評価報告書」（基本問題特別委員会／研究計画・評価分科会原子力分野の研究開発の評価に関する委員会大強度陽子加速器計画評価作業部会）
平成16年6月25日 「科学研究費補助金の在り方について（中間まとめ）」（研究費部会）
平成16年6月30日 「これからの学術研究の推進に向けて」（基本問題特別委員会）
平成16年12月10日 「科学研究費補助金の在り方について」（研究費部会）
平成17年1月11日 「学術研究における多様な分野の総合的な推進方策について（審議経過報告）」（学術研究推進部会）
平成17年1月17日 「第3期科学技術基本計画に盛り込まれるべき学術研究の推進方策について（意見のまとめ）」（学術分科会）
研究振興局振興企画課学術企画室