第二期科学技術・学術審議会は、平成15年2月以降、計6回の会議を開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成15年6月には、平成13年4月の文部科学大臣からの諮問に対し、「技術士試験における技術部門の見直しについて」答申を行った。
- 平成15年7月には、今後5年間（平成16～20年度）の地震予知のための観測研究計画を定めた「地震予知のための新たな観測研究計画（第2次）の推進について」建議、及び今後5年間（平成16～20年度）の火山噴火予知計画を定めた「第7次火山噴火予知計画の推進について」建議を行った。
- 平成16年9月には、第3期科学技術基本計画の策定に資するため、科学技術創造立国の実現に向けた基本的な政策に関して調査検討を行う「基本計画特別委員会」を設置した。
各分科会等の審議状況については、以下のとおり。
研究計画・評価分科会
平成15年2月以降、計7回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成15年3月には、各委員会で実施したリーディング・プロジェクトの事前評価結果について、審議の上、とりまとめた。
- 平成16年9月には、各委員会で実施した新世紀重点研究創生プラン（RR2002）の中間評価結果について、審議の上、とりまとめた。
- 平成15年3月には、防災分野の研究開発に関する委員会、地球環境科学技術委員会、航空科学技術委員会より報告された、それぞれの「研究開発の推進方策について（案）」について、審議の上、とりまとめた。
- 各委員会が実施した平成16年度、17年度の概算要求における重点課題等の事前評価結果について、審議の上、とりまとめた。
- 平成16年6月には、国として責任を持って推進すべき基幹技術に関する重要事項の調査検討を行うため、「国として戦略的に推進すべき基幹技術に関する委員会」を設置した。
科学技術振興調整費審査部会
平成15年3月以降、計8回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成15年度、16年度の新規課題等の審査方法等について審議を行い、審査要領等をとりまとめた。
- 平成15年度、16年度の科学技術振興調整費による新規採択課題を選定した。
- 平成17年度の科学技術振興調整費の公募の在り方について審議を行った。
研究評価部会
平成15年7月以降、計7回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 科学技術振興調整費による実施課題等について、平成15年度、16年度の中間・事後評価をとりまとめた。
- 文部科学省における研究及び開発に関する評価指針のフォローアップについて審議を行った。
- 第3期科学技術基本計画策定に向けた評価システムの改革についての審議を行った。
ライフサイエンス委員会
平成15年5月以降、計11回開催し、以下のような調査検討を行った。
- 新世紀重点研究創生プラン（RR2002）の中間評価を行った。
- 第3期科学技術基本計画策定に向けた取り組みについて検討を行った。
- 平成16年度、17年度概算要求における重点課題等について事前評価を施した。
情報科学技術委員会
平成15年2月以降、計13回開催し、以下のような調査検討を行った。
- ITBL評価ワーキンググループを設置し、ITBL（仮想研究環境IT Based Laboratory構築プロジェクト）の中間評価を実施した。
- ITプログラム（世界最先端のIT国家実現、研究開発のスタイルの変革を目指した研究開発プロジェクト）の中間評価を実施した。
- 第3期科学技術基本計画策定に向けた取り組みについて検討を行った。
- 計算科学技術推進ワーキンググループを設置し、ワーキンググループで将来の超高速計算機システム実現のための研究開発の在り方等について検討を行った。
- 平成16年度、17年度概算要求における重点課題等について事前評価を実施した。
地球環境科学技術委員会
平成15年3月以降、計14回開催し、以下のような調査検討を行った。
- 「地球環境科学技術に関する研究開発の推進方策について」の見直しにを行い、平成15年5月に報告をとりまとめた。
- 新世紀重点研究創生プラン（RR2002）・環境プログラムの中間評価を行った。
- 第3期科学技術基本計画策定に向けた取り組みについて検討を行った。
- 平成16年度、17年度概算要求における重点課題等について事前評価を実施した。
ナノテクノロジー・材料委員会
平成15年5月以降、計10回開催し、以下のような調査検討を行った。
- 新世紀重点研究創生プラン（RR2002）・ナノテクノロジー総合支援プロジェクトの中間評価を実施した。
- 文部科学省におけるナノテクノロジー・材料分野の主な施策の取組及び今後について検討した。
- 第3期科学技術基本計画策定に向けた取組について検討を行った。
- 平成16年度、17年度概算要求における重点課題等について事前評価を実施した。
防災分野の研究開発に関する委員会
平成15年4月以降、計13回開催し、以下のような調査検討を行った。
- 新世紀重点研究創生プラン（RR2002）・防災プログラムの中間評価を実施した。
- 防災に関する研究開発の推進方策について検討を行い、平成15年1月に報告をとりまとめた。
- 第3期科学技術基本計画策定に向けた取組について検討を行った。
- 平成16年度、17年度概算要求における重点課題等について事前評価を実施した。
航空科学技術委員会
平成15年2月以降、計6回開催し、以下のような調査検討を行った。
- 航空科学技術に関する研究開発の推進方策について検討を行い、平成15年5月に報告をとりまとめた。
- 国産旅客機等に関する航空科学技術の研究開発の事前および中間評価を実施した。
- 平成16年度、17年度概算要求における重点課題等について事前評価を実施した。
原子力分野の研究開発の評価に関する委員会
平成15年7月以降、計6回開催し、以下のような調査検討を行った。
- 高温工学試験研究炉（HTTR）の中間評価を実施し、平成16年8月に報告をとりまとめた。
- 平成16年度、17年度概算要求における重点課題等について事前評価を実施した。
国として戦略的に推進すべき基幹技術に関する委員会
平成16年7月以降、計6回開催し、我が国にとっての国益と基幹技術に関して調査検討を行い、平成17年1月に「これまでの議論の整理」として、基幹技術についての概念整理及び、基幹技術の候補と成り得る国家主導型の大規模先端プロジェクトについてとりまとめた。
資源調査分科会
平成15年4月以降、計7回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成16年2月には、文化資源委員会より報告された「文化資源の保存、活用及び創造を支える科学技術の振興（案）」について、審議の上、とりまとめた。
- 平成17年1月には、食品成分委員会より報告された「五訂増補日本食品標準成分表（案）」及び「五訂増補日本食品標準成分表脂肪酸成分表編（案）」について、審議の上、とりまとめた。
文化資源委員会
平成15年7月以降、計9回開催し、文化資源の保存・活用・創造を支える科学技術の振興について調査検討を行い、平成16年1月に報告案をとりまとめた。
食品成分委員会
平成15年7月以降、4つの作業部会で延べ30回及び、計3回の委員会を開催し、日本食品脂溶性成分表の見直しや五訂日本食品標準成分表の部分的な見直しなどについて調査検討を行い、平成16年12月に報告案をとりまとめた。
学術分科会
平成15年2月以降、計6回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 国立大学等の法人化を踏まえ、平成15年4月に「大学共同利用機関の法人化について」及び「新たな国立大学法人制度における附置研究所及び研究施設の在り方について」を審議の上、決定した。
- 平成15年10月には、「ビッグサイエンスの在り方について」について審議の上、とりまとめた。
- 平成16年3月に学術分科会の今後の検討体制について審議を行い、学術研究の推進のための具体的な方策及び評価に係る事項を調査審議する「学術研究推進部会」を設置し、平成16年11月に「学術研究における多様な分野の総合的な推進方策について」の審議を開始した。
- 平成17年1月に「第3期科学技術基本計画に盛り込まれるべき学術研究の推進方策について（意見のまとめ）」をとりまとめた。
学術研究推進部会
平成16年7月以降、計6回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成16年7月から8月にかけて、平成17年度概算要求における特別教育研究経費（学術研究関係）について審議し、関係の大型プロジェクト等のヒアリングを実施した。
- 学術分科会で「学術研究における多様な分野の総合的な推進方策について」の審議が始まったことを受け、同議題に関するより具体的な推進方策について審議を開始し、平成17年1月にこれまでの審議状況を審議経過報告としてとりまとめた。
- 第3期科学技術基本計画に盛り込まれるべき学術研究の推進方策について審議を行い、平成17年1月に部会案をとりまとめた。
- 平成16年11月に「学術情報基盤作業部会」、平成17年1月に「学術研究設備作業部会」を設置した。
研究費部会
平成15年2月以降、計17回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 科学研究費補助金の評価と改善について審議を行った。評価については、総合科学技術会議から出された「競争的研究資金制度改革について」（意見）をも考慮しつつ検討を行い、平成15年5月に「科学研究費補助金制度の評価について」をとりまとめた。
- 科学研究費補助金制度の改正について、「応募資格の見直し」、「不正使用の防止」、「研究費全体の中における科研費の在り方」等の9事項を審議し、平成16年6月の「科学研究費補助金の在り方について（中間まとめ）」の取りまとめを経て、平成16年12月に「科学研究費補助金の在り方について（報告）」をとりまとめた。
科学研究費補助金審査部会
平成15年2月以降、計12回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 科学研究費補助金の評価に関する諸規程の一本化及び必要な改正を行った。
- 「特定領域研究」のうち、がん・ゲノム・脳に係る領域について、各領域毎に領域委員会を設置して当該領域の今後の推進方策の検討を行い、平成15年6月に今後の推進方策についてとりまとめた。
- 「特別推進研究」、「特定領域研究」、「特別研究促進費」、「研究成果公開発表」及び「特定奨励費」について、平成15年度、16年度の補助対象を決定した。
- 「特別推進研究」及び「特定領域研究」について、平成15年度、16年度の中間・事後評価結果をとりまとめた。
- 日本学術振興会が審査業務を行う「基盤研究（C）」に係る「時限付き分科細目」について、平成16年度は7細目、17年度は4細目を新たに設定した。
基本問題特別委員会
平成15年3月以降、計9回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- ビッグサイエンスの意義、推進の在り方等について検討を行い、平成15年9月に「ビッグサイエンスの在り方について（案）」をとりまとめた。
- 平成15年11月には研究計画・評価分科会原子力分野の研究開発の評価に関する委員会と合同で「大強度陽子加速器計画評価作業部会」を設置し、日本原子力研究所と高エネルギー加速器研究機構が共同で建設中の大強度陽子加速器計画について、ニュートリノ実験施設の建設とリニアック（線形加速器）のエネルギー回復に焦点を絞り、今後の計画の進め方について中間評価を実施し、その結果を平成15年12月に「大強度陽子加速器計画中間評価報告書」としてとりまとめた。
- 国立大学等の法人化などの学術研究に関わる制度、環境の変化を踏まえ、学術研究の意義を再確認し、今後の学術研究の推進に向け特に留意すべき点等について検討を行い、平成16年6月に「これからの学術研究の推進について」をとりまとめた。
- 今後の学術分科会の検討体制の充実を図る観点から、平成16年3月開催の学術分科会において学術研究推進部会が設置され、基本問題特別委員会の下に設置されていた各作業部会は、学術研究推進部会の下に改組された。
大学共同利用機関特別委員会
平成15年2月以降、計2回開催し、大学共同利用機関の法人化後の制度設計の在り方や再編の在り方について、国立大学法人法等の検討状況を勘案しつつ、第一期にとりまとめた中間報告を踏まえ、更なる検討を行い、平成15年2月に「大学共同利用機関の法人化について（案）」をとりまとめた。
国立大学附置研究所等特別委員会
平成15年2月以降、計5回開催し、法人化後の附置研究所及び研究施設に求められる役割や機能について、第一期にとりまとめた中間報告を踏まえ、更なる検討を行い、平成15年4月に「新たな国立大学法人制度における附置研究所及び研究施設の在り方について（案）」をとりまとめた。
海洋開発分科会
平成15年5月以降、計2回開催し、平成14年8月の答申「長期的展望に立つ海洋開発の基本的構想及び推進方策について－21世紀初頭における日本の海洋政策－」の実施状況についてフォローアップを行うとともに、その指摘事項の内から具体的な検討を要するものについて審議を行うため、海洋研究船委員会及び深海掘削委員会を設置した。
海洋研究船委員会
平成15年6月以降、計2回開催し、海洋研究における船舶利用のあり方について調査検討を行った。
深海掘削委員会
平成15年6月以降、計5回開催し、統合国際深海掘削計画（IODP）に関する研究推進体制及び広報活動について調査検討を行った。
測地学分科会
平成15年2月以降、計5回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 我が国の今後5年間（平成16～20年度）の地震予知のための観測研究計画及び火山噴火予知計画について審議し、「地震予知のための新たな観測研究計画（第2次）」及び「第7次火山噴火予知計画」の中間報告を取りまとめ、パブリックコメントを踏まえ、平成15年7月に、建議案を取りまとめた。
地震部会
平成15年3月以降、計5回開催し、主に以下のような審議・取りまとめを行った。
- 次期地震予知のための観測研究計画の策定に向けた審議を行い、平成15年6月に建議案を取りまとめた。
- 「地震予知のための新たな観測研究計画（第2次）の推進について」建議に基づき、計画を一層効果的に推進するための体制の整備について審議し、平成16年4月に観測研究計画推進委員会を設置した。
火山部会
平成15年3月以降、計4回開催し、次期火山噴火予知計画の策定に向けた審議を行い、平成15年6月に建議案を取りまとめた。
技術士分科会
平成15年2月以降、計5回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成15年5月には、平成13年4月の文部科学大臣からの諮問に対し、「技術士試験における技術部門の見直しについて」答申案を取りまとめた。
- 平成15年6月には、技術士第一次試験免除の在り方について審議を行い、「技術士試験の免除に係る指定基準について」について、パブリックコメントを踏まえ決定した。
- 平成15年12月には、日豪間の技術士資格相互承認枠組みの実施体制整備のためにAPECエンジニア特別委員会の設置を決定した。
- 平成17年1月には、技術士制度の諸課題を検討するための委員会の設置を決定した。
- 技術士第一次試験及び第二次試験実施大綱（平成15年度、16年度、17年度）を決定した。
一般部会
平成15年5月以降、計4回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成15年5月には、部門見直しワーキング・グループでの検討結果を受け、「技術士試験における技術部門の見直しについて」（答申案）をとりまとめた。
- 平成15年10月には、技術士第一次試験免除の在り方について審議を行い、「第一次試験の免除に係る指定基準について（案）」をとりまとめた。
- 部門見直しワーキンググループ（機械・電気系、化学・生物・環境系、建設・土木系）において、平成15年3月以降、各計2回ずつの会議を開催し、「技術士試験における技術部門の見直しについて」（答申案）について検討を行った。
- 部門見直しワーキンググループ（原子力）において、平成15年2月以降、計5回の会議を開催し、「原子力・放射線」部門の設置について検討を行った。
試験部会
平成15年12月以降、計2回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 平成16年度、17年度の技術士第一次試験及び第二次試験試験実施大綱（案）を決定した。
- 平成16年度、17年度の技術士第一次試験及び第二次試験に係る実施細目を決定した。
- 平成16年度、17年度の技術士試験委員の推薦方針を決定した。
- 平成16年度、17年度の技術士第一次試験及び第二次試験試験委員の推薦時期及び推薦数について決定した。
生命倫理・安全部会
平成15年3月以降、計5回開催し、ライフサイエンスの急速な発展に伴い生じてくる生命倫理や安全に関する問題に対して審議を行うとともに、これらの分野の重要事項及び関連する法律、指針等について検討を行った。
遺伝子組換え技術等専門委員会（組換えDNA技術等専門委員会）
- 平成15年3月以降、組換えDNA技術等専門委員会として計9回開催し、「組換えDNA実験指針」に係る実験計画の妥当性の確認並びに組換えDNA技術等に関する専門的事項に係る調査検討を行った。
- 平成16年2月に「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」（平成16年2月施行、以下「法」という。）が施行されたことに伴い委員会名称を「遺伝子組換え技術等専門委員会」と改め、計7回開催し、法に基づき実験計画の妥当性の確認並びに遺伝子組換え技術に関する専門的事項に係る調査検討を行った。
特定胚及びヒトES細胞研究専門委員会
- 平成15年3月以降、計11回の会議を開催し、「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針」に係るヒトES細胞の樹立計画及び使用計画の指針への適合性の確認並びにES細胞研究に関する専門的事項に係る調査検討を行った。
- 研究の進展等を勘案し、「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針」の見直しについて引き続き検討中。
- 総合科学技術会議意見具申「ヒト胚の取扱いに関する基本的考え方」を踏まえ、平成16年10月、人クローン胚の研究目的の作成・利用について検討する「人クローン胚研究利用作業部会」を設置した。
ライフサイエンス研究におけるヒト遺伝情報の取扱い等に関する小委員会
平成16年7月以降、計11回開催（うち9回は厚生労働省、経済産業省の審議会の下に設置された委員会との合同開催）し、平成17年4月1日の個人情報保護法の全面施行等を踏まえた「ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針」、「疫学研究に関する倫理指針」及び「遺伝子治療臨床研究に関する指針」の見直し内容並びに個人情報保護のための法制上の措置の必要性等について検討し、「医学研究等における個人情報の取扱いの在り方等について」をとりまとめた。
技術・研究基盤部会
産学官連携推進委員会
平成15年2月以降、計11回開催し、以下のような審議・とりまとめを行った。
- 大学等と社会の発展のための新たな産学官連携の在り方について、第一期から引き続き検討を行い、平成15年4月に「新時代の産学官連携の構築に向けて」（審議のまとめ）をとりまとめた。
- 平成15年2月に「大学知的財産本部審査小委員会」を設置し、大学知的財産本部整備事業について選定を実施した。
知的基盤整備委員会
- 平成16年2月以降、計8回開催し、知的基盤整備計画のフォローアップと見直し、今後の知的基盤整備のあり方、先端大型研究施設・設備の活用について検討を行った。
- 委員会の下に「先端計測分析技術・機器開発小委員会」を設け、世界最先端の計測分析技術・機器開発の具体的な推進方策について検討を行った。
国際化推進委員会
平成16年3月以降、計10回開催し、科学技術・学術活動の国際化の推進に対応するため、主体的な国際協力活動の展開、国際的な情報発信力の強化及び国内の研究環境の国際化に関する施策等に関する重要事項について調査検討を行い、平成17年1月に「科学技術・学術分野における国際活動の戦略的推進について」報告を取りまとめた。
人材委員会
平成15年2月以降、計17回開催し、科学技術及び学術の振興を図り、科学技術創造立国を実現していくために必要な人材養成に関して、幅広い観点から調査検討を行い、以下のとおり取りまとめた。
- 国際的視点に立った人材の養成・確保、女性研究者等の多様な人材の能力発揮のための環境整備、ポスドク等若手研究者の支援の在り方について引き続き検討を行い、平成15年6月に第二次提言「国際競争力向上のための研究人材の養成・確保を目指して」を取りまとめた。
- 科学技術分野の理解増進活動、技術者の養成・確保、博士号取得者等のキャリア・パスに関連した人材養成について検討し、平成16年7月に第三次提言「科学技術と社会という視点に立った人材養成を目指して」を取りまとめた。
基本計画特別委員会
平成16年10月以降、計7回の会議を開催し、第3期科学技術基本計画の策定に資するため、科学技術創造立国の実現に向けた基本的な政策に関して調査検討を行った。