前章の共通原則に沿って、評価対象ごとに、次に掲げるとおり実施する。その際、「研究開発施策」、「研究開発課題」、「研究開発機関等」及び「研究者等の業績」のそれぞれに対する評価を有機的に連携させることが重要である。
各府省は、政策目標を達成するために策定した研究開発戦略等（注）、政策目標を具体化するための研究開発制度等の研究開発施策が、国の政策に照らして妥当であるか、関連施策との連携を保ちながら効果的・効率的に推進されているか等を評価する。研究開発施策の評価は、適切な評価手法を明確にしつつ実施する。
研究開発戦略等の評価結果については、当該研究開発戦略等の見直しに反映させる。また、競争的資金制度を始めとする研究開発制度の評価結果については、各府省ごとに各々が所管する制度の全体を把握した上で、その目的・計画の見直し、運用の改善とともに、制度の統合・廃止・拡大・縮小等へ反映させる。
総合科学技術会議は、基本的な政策や重要事項に係る方針等に反映させるため、必要に応じ、複数府省に関連する研究開発施策について、国の科学技術政策上の観点から評価する。
（注）特定の行政目的を実現するための研究開発の方針・方策（複数の研究開発制度や課題等が連携する集合体を含む。）をいう。
研究開発課題は、公募により複数の候補の中から優れたものが競争的に選択され、実施される「競争的資金による課題」、国が定めた明確な目的や目標に沿って重点的に推進される「重点的資金による課題」及び研究開発機関に経常的に配分された資金により実施される「基盤的資金による課題」に区分される。
それぞれの研究開発課題において、基礎研究、応用研究、開発研究等性格の異なる研究開発が行われており、研究開発課題の目的や内容は、広範かつ多様である。このため、その目的、内容、性格、分野等を精査し、評価の方法や観点等を適切なものにする。なお、研究開発課題での評価の観点については、「第2章 5．評価方法 （3）評価の観点」に記した観点のほか、次の（1）から（3）に示す観点を加える。
研究開発課題の評価結果は、その目的・計画の見直し、拡大・縮小・継続・中止等へ反映させる。
評価に当たっては、評価に伴う負担が過重にならないようにするため、効果的・効率的な評価を行う等の工夫や配慮を行う。例えば、評価の対象とする研究開発成果（論文、特許等）を代表的な数点に絞る、競争的資金制度等での少額の研究開発課題では事前評価による審査を中心とし事後評価は最小限度にとどめる、評価項目を厳選する等を行う。
なお、委託先や共同研究の相手先となる民間機関や公設試験研究機関等で国費の支出を受けて実施される研究開発課題について、評価実施主体は、評価実施上の共通原則を踏まえつつも、国費の負担度合い等も勘案し、適切な方法で相応の評価を行う。
競争的資金による研究開発課題は、大きく「研究者の自由な発想に基づく基礎研究」と特定の政策目的を実現するための「研究目的を指定された研究」に二分される。
「研究者の自由な発想に基づく基礎研究」は、高い資質を有した専門家によって、それぞれの観点について国際的水準に照らしたピアレビューを行う。「研究目的を指定された研究」は、科学的・技術的な観点からの評価と社会的・経済的な観点からの評価とを明確に区分して実施する。
評価に当たっては、少数意見も尊重し、斬新な発想や創造性等を見過ごさないよう十分に配慮することが重要である。また、これまでに応募実績のない者や少ない者（若手研究者、産業界の研究者等）については、研究内容や計画に重点を置いて的確に評価し、研究開発の機会が与えられるようにする。
グループ研究の場合は、参画研究者の役割分担、実施体制、責任体制の明確さ（研究代表者の責任を含む。）についても評価する。
さらに、優れた成果が期待され、かつ研究開発の発展が見込まれる課題については、次の競争的資金（異なる競争的資金制度によるものを含む。）が継続して配分される等切れ目なく研究開発が継続できるよう、適切に評価を実施することが必要である。
重点的資金による研究開発課題は、その企画が研究開発施策と整合し、かつその決定方法が妥当であるかを評価する。その際、科学技術の進展、社会や経済の情勢の変化により、評価の項目、基準等が変わることに留意する。特に応用研究、開発研究等については、社会的・経済的な観点からの評価を重視する。
大規模プロジェクトについては、責任体制の明確さ（研究代表者の責任を含む。）、費用対効果等を含めて、特に厳正に評価する。国際共同プロジェクトについては、国際的な役割分担、国際貢献、国益上の意義や効果等についても評価する。また、大規模プロジェクトについては、評価の客観性及び公正さをより高めるため、必要に応じて第三者評価を活用する。また、国民の理解を得るために、早い段階からその内容や計画等をインターネット等を通じて広く公表し、必要に応じて国民の意見を評価に反映させる。
大規模プロジェクトその他の国家的に重要なプロジェクトについては、必要に応じて、総合科学技術会議が国の科学技術政策上の観点から評価を行う。
研究開発機関の長の責任において、各機関の目的等に照らして、評価及び資源配分への反映のためのルールを適切に設定し、評価を実施する。その際、論文発表等を通じた当該研究分野における研究者間における評価等を活用するとともに、必要に応じて研究開発機関等の評価の対象に含めることにより、効率的で適切な方法で実施する。
研究開発機関等の設置目的や研究目的・目標に即して、機関運営と研究開発の実施・推進の面から行う。なお、評価の客観性及び公正さをより高めるため、第三者評価を積極的に活用する。
機関運営面では、研究目的・目標の達成や研究開発環境の整備等のためにどのような運営を行ったかについて、効率性の観点も踏まえつつ評価を行う。機関運営面の評価項目としては、例えば、支援体制や知的基盤の整備、人材の養成・確保や流動性の促進、産学官連携、専門研究分野を活かした社会貢献等に対する取組があるが、各研究開発機関等の研究目的・目標に即して評価項目を選定し、評価する。
研究開発の実施・推進面では、機関等が実施・推進した研究開発課題の評価と所属する研究者等の業績の評価の総体で評価を行う。評価結果は、機関運営のための予算、人材等の資源配分に反映させる。
こうした研究開発機関等の運営は、機関長の裁量の下で行われるものであり、研究開発機関等の評価結果を責任者たる機関長の評価につなげる。また、研究開発における機関長の責任の重さにもかんがみ、機関長が適切に選任されるように留意する必要がある。
なお、この他に、研究開発機関等の性格に応じて次のとおり実施する。
大学等については、大学設置基準等に規定する自己点検・評価を厳正に行う。その際、自主性の尊重、教育と研究の一体的な推進等その特性に留意する。また、大学共同利用機関については、外部専門家及び外部有識者で構成される評議員会等が行う評価を一層充実する。さらに、これらに加えて、大学評価・学位授与機構等による教育、研究、社会貢献、組織運営等の第三者評価を推進する。
独立行政法人研究機関については、「独立行政法人通則法」に基づく中期目標期間の実績（中期目標の達成度等）を独立行政法人評価委員会で評価し、各府省において評価結果を、交付金の適切な配分等に反映させるとともに、独立行政法人研究機関は、機関の運営に評価結果を反映させるよう努める。
国立試験研究機関については、各府省の施策・事業と合致しているかを評価する。さらに、特殊法人研究機関等については、国立試験研究機関に準じた措置が講じられるよう努めるとともに、これらの評価結果を、国の施策・事業に的確に反映させる。
国費の支出を受けて研究開発（委託及び共同研究等）を実施する民間機関、公設試験研究機関等については、評価実施主体は、課題評価の際等に、これら機関における当該課題の研究開発体制に関わる運営面に関し、国費の効果的・効率的執行を確保する観点から、必要な範囲で評価を行う。
なお、本指針の対象外であっても研究開発に関連する部分については、各機関の性格や役割等に応じて、適切に評価することが期待される。
機関長が機関の設置目的等に照らして適切かつ効率的な評価のためのルールを整備して、責任をもって実施する。その際、研究者には多様な能力や適性があることに十分配慮し、研究開発に加え、研究開発の企画・管理や評価活動、社会への貢献等の関連する活動に着目し、量よりも質を評価する。その際、大学等の場合は、研究と教育の両面の機能を有することに留意する。
また、研究開発を推進するためには、研究支援者の協力が不可欠である。研究支援者の専門的な能力、研究開発の推進に対する貢献度等を適切に評価することが必要である。
科学技術・学術政策局政策課
-- 登録：平成21年以前 --