児童生徒の不登校や問題行動などに適切に対処するためには，子どもたちの悩みや不安を受け止めて相談に当たることが大切です。
文部科学省では，平成13年度から，学校における教育相談体制などの機能の充実を図るため「スクールカウンセラー活用事業補助」を開始し，「心の専門家」である臨床心理士などをスクールカウンセラーとして配置し，スクールカウンセラーを活用する際の諸課題についての調査研究事業を行うために必要な経費の補助を各都道府県・指定都市に対して行っています（18年度は約1万校）。これまでの取組を通じて，スクールカウンセラーの配置は，児童生徒の不登校や問題行動などの予防・発見・解消と，保護者や教員の子どもへの接し方についての助言の両面で効果があるなどの成果が数多く報告されています。
また，教員OBなどの地域の人材を子どもと親の相談員等として小学校に配置し，不登校などの早期発見・早期対応や未然防止に関する調査研究を実施しています。
いじめの問題の深刻化を受けて，平成18年度補正予算では，教育委員会における電話相談を24時間対応とするほか，スクールカウンセラー等による集中的な教育相談を実施するための必要経費を盛り込んでいます。
平成17年12月に閣議決定された「犯罪被害者等基本計画」において，犯罪被害者である児童生徒等への対応が盛り込まれるなど，近年では，児童生徒の不登校や問題行動等への対応のみならず，自然災害や事件事故等の被害にあった児童生徒に対する心のケアなどの対応も期待されており，文部科学省では，教育相談体制の充実に努めています。