| （平成１４年３月２７日現在） | |
| ○ | 国の設置する研究所その他の機関 |
| 国立療養所南花巻病院（臨床研究部） | |
| 気象研究所 | |
| 科学警察研究所 | |
| 国立佐倉病院（臨床研究部） | |
| 国立医薬品食品衛生研究所 | |
| 国立公衆衛生院 | |
| 国立感染症研究所 | |
| 国立がんセンター（研究所） | |
| 国立国際医療センター（研究所） | |
| 国立精神・神経センター | |
| 国立小児病院（小児医療研究センター） | |
| 科学技術政策研究所 | |
| 農林水産政策研究所 | |
| 国立社会保障・人口問題研究所 | |
| 国土技術政策総合研究所 | |
| 国立成育医療センター（研究所） | |
| 国立療養所中部病院（長寿医療研究センター） | |
| 国立療養所宇多野病院（臨床研究部） | |
| 国立循環器病センター（研究所） | |
| 国立療養所近畿中央病院（臨床研究部） | |
| 国立大阪病院（臨床研究部） | |
| 国立水俣病総合研究センター | |
| ○ | 地方公共団体の設置する研究所その他の機関 |
| 北海道開拓記念館 | |
| 埼玉県立がんセンター（研究室） | |
| 千葉県立中央博物館 | |
| 千葉県がんセンター（研究所） | |
| 横須賀市自然・人文博物館 | |
| 神奈川県立歴史博物館 | |
| 神奈川県立生命の星・地球博物館 | |
| 山梨県環境科学研究所 | |
| 愛知県がんセンター（研究所） | |
| 愛知県心身障害者コロニー発達障害研究所 | |
| 滋賀県琵琶湖研究所 | |
| 滋賀県立琵琶湖博物館 | |
| 大阪市立自然史博物館 | |
| 大阪府教育センター | |
| 大阪市立環境科学研究所 | |
| 大阪府立公衆衛生研究所 | |
| 大阪府立母子健康総合医療センター（研究所） | |
| 大阪府立成人病センター（研究所） | |
| 大阪府立農林技術センター | |
| 大阪府立産業技術総合研究所 | |
| 兵庫県立人と自然の博物館 | |
| 奈良県立橿原考古学研究所 | |
| 岡山県生物科学総合研究所 | |
| 北九州市立自然史博物館 | |
| ○ | 法律により直接設立された法人 |
| （独）北海道開発土木研究所 | |
| （独）国立環境研究所 | |
| （独）防災科学技術研究所 | |
| （独）農業工学研究所 | |
| （独）国際農林水産業研究センター | |
| （独）森林総合研究所 | |
| （独）食品総合研究所 | |
| （独）農業環境技術研究所 | |
| （独）物質・材料研究機構 | |
| （独）農業技術研究機構 | |
| （独）農業生物資源研究所 | |
| （独）建築研究所 | |
| （独）土木研究所 | |
| （独）国立女性教育会館 | |
| （独）放射線医学総合研究所 | |
| （独）国立健康・栄養研究所 | |
| （独）大学入試センター | |
| （独）国立科学博物館 | |
| （独）国立国語研究所 | |
| （独）国立博物館東京国立博物館 | |
| （独）文化財研究所東京文化財研究所 | |
| （独）国立美術館東京国立近代美術館 | |
| （独）国立美術館国立西洋美術館 | |
| （独）国立ｵﾘﾝﾋﾟｯｸ記念青少年総合センター | |
| （独）産業技術総合研究所 | |
| （独）海上技術安全研究所 | |
| （独）産業安全研究所 | |
| （独）航空宇宙技術研究所 | |
| （独）消防研究所 | |
| （独）産業医学総合研究所 | |
| （独）国立特殊教育総合研究所 | |
| （独）港湾空港技術研究所 | |
| （独）水産総合研究センター | |
| （独）国立博物館京都国立博物館 | |
| （独）国立美術館京都国立近代美術館 | |
| （独）国立美術館国立国際美術館 | |
| （独）国立博物館奈良国立博物館 | |
| （独）文化財研究所奈良文化財研究所 | |
| （特）理化学研究所 | |
| （特）日本学術振興会 | |
| （特）日本原子力研究所 | |
| （特）宇宙開発事業団 | |
| （特）日本体育・学校健康センター（国立スポーツ科学センター） | |
| （認）海洋科学技術センター | |
| ○ | 民法第３４条の規定により設立された法人 |
| （財）電気磁気材料研究所 | |
| （財）かき研究所 | |
| （財）半導体研究振興会 | |
| （財）素材工学研究会 | |
| （財）国際科学振興財団 | |
| （財）特殊無機材料研究所 | |
| （財）山形県企業振興公社（生物ﾗｼﾞｶﾙ研究所） | |
| （財）脳血管研究所 | |
| （財）日本蛇族学術研究所 | |
| （財）動物繁殖研究所 | |
| （財）化学療法研究所 | |
| （財）日本園芸生産研究所 | |
| （財）野田産業科学研究所 | |
| （財）額田医学生物学研究所 | |
| （財）写真科学研究所 | |
| （財）古代オリエント博物館 | |
| （財）癌研究会 | |
| （財）建設技術研究所 | |
| （財）河野臨床医学研究所 | |
| （財）小林理学研究所 | |
| （財）佐々木研究所 | |
| （財）実験動物中央研究所 | |
| （財）政治経済研究所 | |
| （財）世界経済調査会 | |
| （財）大日本蚕糸会 | |
| （財）田中教育研究所 | |
| （財）東京生化学研究会 | |
| （財）東洋文庫 | |
| （財）徳川黎明会 | |
| （財）日本経済研究所 | |
| （財）日本生物科学研究所 | |
| （財）日本農業研究所 | |
| （財）三菱経済研究所 | |
| （財）山階鳥類研究所 | |
| （財）熔接研究所 | |
| （財）三井文庫 | |
| （財）目黒寄生虫館 | |
| （財）野間教育研究所 | |
| （財）言語文化研究所 | |
| （財）応用光学研究所 | |
| （財）乙卯研究所 | |
| （財）英文法令社 | |
| （財）緒方医学科学研究社 | |
| （財）科学技術振興会 | |
| （財）教育研究所協会 | |
| （財）教育研究振興会 | |
| （財）教育調査研究所 | |
| （財）研医会 | |
| （財）建設工学研究会 | |
| （財）光線研究所 | |
| （財）国民経済研究協会 | |
| （財）小峰研究所 | |
| （財）語学教育研究所 | |
| （財）溶接接合工学振興会 | |
| （財）三康文化研究所 | |
| （財）島薗順次郎記念会 | |
| （財）史料調査会 | |
| （財）食生活研究会 | |
| （財）震災予報協会 | |
| （財）心臓血管研究所 | |
| （財）芸術研究振興財団 | |
| （財）ソ連問題研究会 | |
| （財）中央温泉研究所 | |
| （財）中央教育研究所 | |
| （財）電磁応用研究所 | |
| （財）東京大学綜合研究会 | |
| （財）東方研究会 | |
| （財）東洋哲学研究所 | |
| （財）ドイツ語学文学振興会 | |
| （財）日本国際医学協会 | |
| （財）日本色彩研究所 | |
| （財）日本政治文化研究所 | |
| （財）日本美容医学研究会 | |
| （財）野口研究所 | |
| （財）肥料研究所 | |
| （財）深田地質研究所 | |
| （財）柳工業デザイン研究会 | |
| （財）日本統計協会 | |
| （財）日本学協会 | |
| （財）冲中記念成人病研究所 | |
| （財）能力開発工学センター | |
| （財）進化生物学研究所 | |
| （財）大倉精神文化研究所 | |
| （財）労働科学研究所 | |
| （財）国際生態学センター | |
| （財）微生物化学研究会 | |
| （財）矢野恒太記念会 | |
| （財）中日文化研究所 | |
| （財）科学教育研究会 | |
| （財）基礎化学研究所 | |
| （財）自然史科学研究所 | |
| （財）教科書研究センター | |
| （財）中近東文化センター | |
| （財）国際メディア研究財団 | |
| （財）東京都老人総合研究所 | |
| （財）東京都医学研究機構 | |
| （財）統計研究会 | |
| （財）日本進路指導協会 | |
| （財）日本数学検定協会（学習数学研究所） | |
| （財）濱野生命科学研究財団 | |
| （財）神奈川科学技術アカデミー | |
| （財）日本積雪連合 | |
| （財）若狭湾エネルギー研究センター | |
| （財）繊維工業研究協会 | |
| （財）応用生化学研究所 | |
| （財）岐阜県国際バイオ研究所 | |
| （財）日本モンキーセンター | |
| （財）豊田理化学研究所 | |
| （財）名古屋畜産学研究所 | |
| （財）名古屋産業科学研究所 | |
| （財）応用科学研究所 | |
| （財）生産開発科学研究所 | |
| （財）古代學協会 | |
| （財）上原学術研究所 | |
| （財）応用菌学研究所 | |
| （財）覚誉会 | |
| （財）総合経済研究所 | |
| （財）体質研究会 | |
| （財）田附興風会 | |
| （財）日独文化研究所 | |
| （財）防虫科学研究所 | |
| （財）有機合成化学研究所 | |
| （財）建築研究協会 | |
| （財）植物科学研究協会 | |
| （財）海洋化学研究所 | |
| （財）物理探鉱研究会 | |
| （財）ルイ・パストゥール医学研究センター | |
| （財）国際高等研究所 | |
| （財）世界人権問題研究センター | |
| （財）災害科学研究所 | |
| （財）大阪皮膚病研究会 | |
| （財）大阪結核研究会 | |
| （財）関西経済研究センター | |
| （財）高分子研究所 | |
| （財）石神記念医学研究所 | |
| （財）産業科学研究協会 | |
| （財）サントリー生物有機科学研究所 | |
| （財）蛋白質研究奨励会 | |
| （財）阪大微生物病研究会 | |
| （財）発酵研究所 | |
| （財）阪本精神病理学研究所 | |
| （財）大阪バイオサイエンス研究所 | |
| （財）電子科学研究所 | |
| （財）レーザー技術総合研究所 | |
| （財）大阪市文化財協会 | |
| （財）兼松貿易研究基金 | |
| （財）建設工学研究所 | |
| （財）東洋食品研究所 | |
| （財）近畿高エネルギー加工技術研究所 | |
| （財）高輝度光科学研究センター | |
| (財）先端医療振興財団 | |
| （財）元興寺文化財研究所 | |
| （財）日本きのこセンター | |
| （財）教育文化研究所 | |
| （財）日本産業科学研究所 | |
| （財）九州経済調査協会 | |
| （財）国際東アジア研究センター | |
| （財）放射線影響研究所 | |
| （財）ファジィシステム研究所 | |
| （財）実験医学研究所 | |
| （財）服部植物研究所 | |
| （財）日本化学繊維研究所 | |
| （財）日本真珠研究所 | |
| （財）衣笠会 | |
| （財）防災研究協会 | |
| （社）北里研究所 | |
| （社）中国研究所 | |
| （社）自然科学書協会 | |
| （社）部落問題研究所 |
-- 登録：平成21年以前 --