文部科学省では、他府省と共管している法人を含め23の独立行政法人等を所管しており、その中には国民の需要に的確に対応した多様で良質なサービスの提供を通じた公共の利益の増進を推進することを目的とする中期目標管理法人が14法人、科学技術の水準の向上を通じた国民経済の健全な発展その他の公益に資するため研究開発の最大限の成果を確保することを目的とする国立研究開発法人が9法人あります。また、独立行政法人ではありませんが、その業務の一部を独立行政法人通則法を準用して行う特殊法人が1法人あります。
独立行政法人通則法に基づき、文部科学省が所管する独立行政法人について、文部科学大臣は、主として以下のことについて行うこととしています。
（1）3～5年の間に達成すべき中期目標（国立研究開発法人については5～7年の中長期目標）を指示
（2）目標の指示を受けて独立行政法人が定めた中期計画（国立研究開発法人については中長期計画）を認可
（3）毎年度独立行政法人の業務の実績を評価
評価は、文部科学省所管の独立行政法人の評価に関する基準（平成27年6月30日文部科学大臣決定） （PDF）に従い、有識者（国立研究開発法人については独立行政法人通則法に基づき設置された国立研究開発法人審議会）の御意見を活用しながら実施しています。
また、独立行政法人改革等に関する基本的な方針（平成25年12月24日閣議決定） （PDF）（※首相官邸ホームページへリンク）に従って策定された独立行政法人における調達等合理化の取組の推進について（平成27年5月25日総務大臣決定） （PDF）（※総務省ウェブサイトへリンク）に基づき、独立行政法人は、透明性及び外部性を確保しつつ、自律的かつ継続的に調達等の合理化に取り組んでいます。
さらに、福島復興再生特別措置法に基づき設置される特殊法人である福島国際研究教育機構については、復興庁とともに文部科学省も共管しており、中期目標の指示、中期計画の認可、業務実績の評価等を行います。
以下のリンク先に各独立行政法人の中（長）期目標・中（長）期計画・評価等について記載してあります。
大臣官房政策課政策推進室