平成17年10月26日の中央教育審議会答申（「新しい時代の義務教育を創造する（答申）」）を受けて，文部科学省では，義務教育の構造改革を進めるため，「新教育システム開発プログラム」という調査研究を新たに始めました。これは，義務教育の構造改革を進めていく際の様々な教育課題について，新たな教育条件の在り方や教育効果などについて客観的なデータを収集・検証し，今後の国の制度改革や政策の基礎をつくることをねらいとしています。
この調査事業は，これまでの義務教育分野の行政の調査事業ではなかった公募方式を採っており，教育改革の知恵を現場・各界から広く集める仕組みを取り入れたり，可能な限り客観的なデータで検証したりするなど，現場での実践・実証を重視したものとなっています。
平成18年度予算は約15億円となっており，第1次公募では，全国の市区町村，学校，大学・研究機関，企業，NPOなどから合計80件の応募がありました。有識者会議（ステアリング・コミッティー）の厳正な審査・選考を経て，18年6月，52のプロジェクトが採択され，おおむね2〜3年計画の調査研究が始まりました。18年度は初年度であることから，9月にも第2次公募を行い，さらに16のプロジェクトを採択しました。